Role of cytosine in the conformational polymorphism of DNA

Provider

Academy of Sciences of the Czech Republic

Programme

Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic

Call for proposals

—

Main participants

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Contest type

—

Contract ID

—

Project name in Czech

Úloha cytosinu v konformační polymorfii DNA

Annotation in Czech

Pomocí CD spektroskopie, PAGE a dalších metod budou řešeny následující problémy:I)Charakterizace termostabilního konformeru, který tvoří oligo(dC) při neutrálním pH, jeho úloha při tvorbě interkalovaného cytosinového kvadruplexu. II) Anomální konformaceoligonukleotidů d(CnGn).III) Tvorba duplexu, quaninového a cytosinového kvadruplexu u d(CnGn) a d(GnCn), jejich kompetice a intramolekulární koexistence. IV) Konformační rovnováhy bimolekulárního duplexu a monomolekulárního vlásenkového uspořádání u oligonukleotidů bohatých na (G+C). V)Neobvyklé konformace motivů d(IC)n, d(TC)n a d(AC)n. VI) Ovlivnění konformačních vlastností oligonukleotidů alkylovými, alkenylovými a alkynylovými substituenty v poloze 5 cytosinu. VII) Srovnání konformací fragmentů DNAbohatých na (G+C) v krystalech roztoku. Výsledky pomohou pochopit úlohu shlukování cytosinů, jejich protonizace, metylace a pravidelného střídání s jinými bázemi v konformační polymorfii oblastí genomů bohatých na cytosin.

R&D category

—

CEP classification - main branch

BO - Biophysics

CEP - secondary branch

CE - Biochemistry

CEP - another secondary branch

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics

Provider evaluation

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Project results evaluation

Zjistili jsme, že molekuly DNA začínající blokem cytosinů nabývají zvláštní dvojité šroubovice, která se podobá RNA. Ukázali jsme, že podmínky, v nichž existuje DNA v krystalech, lze simulovat vodným roztokem trifluorethanolu.

Realization period - beginning

Jan 1, 1997

Realization period - end

Jan 1, 1999

Project status

U - Finished project

Latest support payment

—

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP/2000/AV0/AV00IA/U/6:3

Data delivery date

—

Total approved costs

3,750 thou. CZK

Public financial support

1,425 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK