Structural and functional characterization of the giant plant Ogre-like retrotransposons
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 7 (SAV02007-A)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
IAA500960702
Alternative language
Project name in Czech
Strukturní a funkční charakterizace gigantických rostlinných retrotranspozónů typu Ogre
Annotation in Czech
Retrotranspozóny typu Ogre představují nově popsanou rodinu rostlinných retroelementů, pro kterou je charakteristická extrémní délka elementů (22-25 kb) a jejich specifická struktura. Tyto elementy vykazují v řadě studovaných druhů vysoký stupeň amplifikace a konzervovanosti svých sekvencí, a navíc jsou transkripčně aktivní, což naznačuje jejich recentní transpoziční aktivitu. Cílem navrhovaného projektu je provést detailní charakterizaci Ogre elementů, zaměřenou na variabilitu a strukturu jejich transkriptů a identifikaci odpovídajících regulačních sekvencí, studium čtecího rámce o neznámé funkci a srovnávací počítačovou analýzu elementů pocházejících z různých druhů. Výsledkem těchto analýz bude podrobná charakterizace Ogre elementů jako potenciálněnové skupiny rostlinných retrotranspozónů, a především příspěvek k objasnění molekulárních mechanismů umožňujících vysoce účinnou amplifikaci některých typů retrotranspozónů v genomech rostlin.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
This project yielded novel findings about structure and biology of Ogre elements and revealed their impact on genome architecture and evolution in many plant species.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 28, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-AV0-IA-U/01:1
Data delivery date
Jun 8, 2010
Finance
Total approved costs
2,272 thou. CZK
Public financial support
2,272 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK