Analysis of haplotypes in wild and wild-derived mice on chromosome 17
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 4 (SAV02004-A)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
IAA5052406
Alternative language
Project name in Czech
Analýza haplotypů u divokých myší a z nich odvozených kmenů na chromozomu 17
Annotation in Czech
Návrh projektu vychází z výsledků naší laboratoře a dostupnosti DNA divokých myší a z nich odvozených inbredních kmenů. Cílem je hledat v oblastech myšího genomu alely/genotypy a analyzovat jejich kombinace na chromozomu daného jedince (haplotypy). Budounalezeny polymorfismy v těsné vazbě v genomech Mus musculus domesticus a M. m. musculus k odhadu počtu alel. Pilotní experimenty budou prováděny skrýnováním alel v inbredních kmenech odvozených z divokých myší k odvození haplotypové struktury a oblastímožné vazebné nerovnováhy (linkage disequilibrium), to jest nenáhodné asociace alel v haplotypech. Genotypy v těchto oblastech budou analyzovány na větších počtech myších DNA. Data budou srovnána s haplotypovou mapou člověka. Výsledky pomohou porozumět organizaci savčích genomů a mechanismů rekombinace, přispějí k objasnění úlohy divokých myší a z nich odvozených kmenů v projektech pozičního klonování a k rozvinutí infrastruktury těchto kmenů nalezením nových markerů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
A haplotype map of a 250-kb region of mouse chromosome 17 was constructed. Haplotypes differed not only between species, but also between subspecies of house mouse. This contributed to the identification of the first vertebrate hybrid sterility gene, Hst1
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2004
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 21, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-AV0-IA-U/01:1
Data delivery date
Jul 2, 2009
Finance
Total approved costs
3,396 thou. CZK
Public financial support
2,146 thou. CZK
Other public sources
1,250 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK