An effect of rDNA intragenomic variability on coevolutionary analysis in insect-symbiont associations
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 7 (SAV02007-A)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
IAA601410708
Alternative language
Project name in Czech
Vliv vnitrogenomové variability rDNA na koevoluční analýzu ve vztahu hmyz-symbiont
Annotation in Czech
Projekt studuje vnitrogenomovou variabilitu 16S rDNA u symbiotických bakterií a její vliv na rekonstrukci fylogenetických a koevolučních vztahů. V předchozích studiích jsme zjistili, že odlišné kopie 16S rDNA z genomu symbionta triatom, Arsenophonus triatominarum, poskytují navzájem neslučitelné fylogeneze. Společně se značným posunem v nukleotidovém složení genů ukazuje toto zjištění, že vztah mezi A. triatominarum a hostitelem je zřejmě staršího data, než by vyplývalo z inkongruence jejich fylogenezí.Předpokládáme, že tento jev se vztahuje i na další symbiotické bakterie a měl by být zohledněn v koevolučních studiích. V rámci projektu bude mapováno množství a celková variabilita kopií 16S rDNA v různých liniích rodu Arsenophonus. Pro doplnění souboru dat, bude provedeno vyhledávání dalších linií v různých skupinách hmyzu. Jako doplňujícího kritéria pro posouzení relativního stáří symbiotických vztahů bude použita míra posunu v nukleotidovém složení a výpočet divergenčních časů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EG - Zoology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10613 - Zoology<br>10614 - Behavioral sciences biology<br>10615 - Ornithology<br>10616 - Entomology<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Phylogenetic and evolutionary analysis has been done for the genus of symbiotic bacteria Arsenophonus. It shows an evolutionary versatility of the group and demonstrates how molecular artifacts (intragenomic variability) affect coevolutionary studies.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 28, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-AV0-IA-U/01:1
Data delivery date
Jun 8, 2010
Finance
Total approved costs
2,129 thou. CZK
Public financial support
2,129 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK