"Expressed Sequence Tags" in oxymonads ? multigene phylogenetic analysis of eukaryotes and study of the importance of lateral gene transfer in the evolution of protists
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 6 (SAV02008-B)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB501110801
Alternative language
Project name in Czech
"Expressed Sequence Tags" u oxymonád - multigenová fylogenetická analýza eukaryot a studium významu horizontálního genového přenosu v evoluci prvoků
Annotation in Czech
Sekvenace "Expressed Sequence Tags" (EST) je velmi využívaná pro studium prvoků, protože dovoluje rychle získat velké množství genetických dat. Spočívá v konstrukci cDNA knihovny a sekvenaci obvykle 10-20ti tisíc náhodně vybraných klonů. Máme k dispozicikvalitní cDNA knihovnu z oxymonády ? bičíkovce, patřícího k nejméně studovaným eukaryotickým organismům. Ve spolupráci se zahraničními laboratořemi jsme již pilotně osekvenovali 3000 EST. Cílem projektu je osekvenovat dalších asi 5000 EST a plně tak využít potenciálu knihovny. Tato data poskytnou naší začínající laboratoři výborný materiál pro následné projekty a pevný základ pro zahraniční i domácí spolupráci i pro zamýšlený návrh na sekvenaci genomu. Prvními projekty založenými na EST datech budou: 1) Určení postavení oxymonád na fylogenetickém stromu eukaryot pomocí analýzy sta a více genů; 2) vyhledávání genů, které prodělaly v linii vedoucí k oxymonádám horizontální přenos pomocí softwaru, který vyvineme v průběhu projektu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
IN - Informatics
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
349 reads of Monocercomonoides transcriptome were sequenced. A set of python scrips for sorting genes to othologous groups and reconstructing their phylogeny was created. Phylogenetic position of oxymonads was established using multi-gene analysis.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2008
Realization period - end
Dec 31, 2010
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 9, 2010
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP11-AV0-KJ-U/02:2
Data delivery date
Jun 14, 2011
Finance
Total approved costs
1,184 thou. CZK
Public financial support
1,184 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK