Construction of chromosome-specific DNA libraries of barley (Hordeum vulgare L.) and their use in genome mapping
Project goals
The project assumes construction of chromosome-specific DNA libraries for some of barley chromosomes. Translocation lines of barley will be used to increase efficiency of sorting. Methods for isolation and flow-cytometric sorting of barley chromosomes will be developed. DNA from sorted chromosomes will be amplified by degenerate-oligonucleotide primed PCR (DOP-PCR) and used for construction of recombinant DNA libraries. The libraries will be characterised as for insert size, reperesentativness and content of single-copy and repeated sequences. Barley cDNA will be prepared and hybridised with chromosome-specific DNA to obtain chromosome-specific population of cDNAs. The chromosome-specific libraries are expected to be used for isolation of chromosome-specific markers and for localisation of DNA sequences on chromosomes and their parts. Chromosome-specific cDNAs will be used to attempt at preparing probes for chromosome painting.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
—
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
—
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Konstrukce chromozómově specifických DNA knihoven ječmene (Hordeum vulgare L.) a jejich využití pro mapování genomu
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na konstrukci chromozómově specifických knihoven pro vybrané typy chromozomů ječmene. Při konstrukci knihoven bude použito translokovaných linií ječmene. Budou vyvinuty metody pro izolaci a třídění chromozomů ječmene pomocí průtokové cytometrie. DNA z tříděných chromozómů bude amplifikována pomocí DOP-PCR (degenerate oligonucleotide-promed PCR) a použita ke konstrukci knihoven krátkých inzertů. Ty budou charakterizovány z hlediska délky klonovaných inzertů, reprezentativnosti a obsahjedinečných a opakujících se sekvencí. Bude syntetizována cDNA a její hybridizací s chromozómově specifickou DNA, získanou po DOP-PCR, budou vyselektovány chromozómově specifické populace cDNA. Předpokládá se využití chromozómově specifických knihoven prizolaci chromozómově specifických markerů a pro lokalizaci genů na chromozómech nebo jejich částech a také možnost využití chromozómově specifické cDNA pro přípravu komplexních sond pro "chromosome painting".
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
GE - Plant cultivation
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
EF - Botany
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10611 - Plant sciences, botany
10612 - Mycology
30101 - Human genetics
40105 - Horticulture, viticulture
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Postup a metodika prací jsou v souladu se stanoveným záměrem. Práce je adekvátně publikována ve 2 článcích in extenzo, 1 odeslán do tisku, řada příspěvků na konferencích. Finanční prostředky čerpány v souladu s plánem.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1998
Realization period - end
Jan 1, 2000
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2001/GA0/GA01GA/U/N/9:4
Data delivery date
—
Finance
Total approved costs
652 thou. CZK
Public financial support
530 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
652 CZK thou.
Public support
530 CZK thou.
81%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
GE - Plant cultivation
Solution period
01. 01. 1998 - 01. 01. 2000