Establishment of Silene vulgaris as a model for comparative genomics in genus Silene
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 7 (SAV02009-B)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB600040901
Alternative language
Project name in Czech
Silenka nadmutá jako model komparativní genomiky pro rod Silene
Annotation in Czech
Silene vulgaris (silenka nadmutá) představuje důležitý modelový organizmus pro studia rostlinné genetiky, biochemie a evoluční a populační biologie. Přesto, že je biologický výzkum u S. vulgaris intenzivní, až dosud nebyly vytvořeny zdroje pro genomickéanalýzy, které by usnadnily studium tohoto druhu. Naším záměrem je ustanovit S. vulgaris jako výchozí srovnávací model pro rod Silene. Nově konstruovaná BAC knihovna umožní využití S. vulgaris jako nástroje pro komparativní cytogenetiku. Porovnání autozomálních oblastí u S. vulgaris s odpovídajícími oblastmi na pohlavních chromozomech u S. latifolia umožní studovat procesy, které formovaly evoluci pohlavních chromozomů. Analýza stávajících a nově vytvořených databází genomových sekvencí určí, které repetice DNA formovaly velikost genomů v rámci rodu Silene, a které specificky souvisí s evolucí pohlavních chromozomů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci s Institute of Integrative Biology (ETH, Zürich, Switzerland).
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
It was established several genomic resources and databases in Silene vulgaris during project timeline. The main output is BAC library construction, comparative analysis of autosomal and sex linked loci and genomic comparisons in genus Silene.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2009
Realization period - end
Dec 31, 2011
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 18, 2011
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP12-AV0-KJ-U/01:1
Data delivery date
May 25, 2012
Finance
Total approved costs
2,530 thou. CZK
Public financial support
2,530 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK