The use of metagenomics and metatranscriptomics for identification of active microorganisms and microbial processes
Project goals
The project aims to identify the active microbial community represented by the RNA pool and transcriptionally active in the environment using next-generation-sequencing. The main challenge of the project is the development of protocols that will allow reproducible and reliable work with environmental metatranscriptomes, especially the eukaryotic ones. The information on the taxonomic composition of communities and the abundance of individual taxa will be combined with the assignment of transcriptome-derived sequences to analyse the contribution of individual groups of organisms to the processes in the environment. The combination of genome sequences of selected microbial taxa and model strains with transcriptomics under defined conditions and the specific search for the species-specific sequences will contribute to the understanding of the autecology of individual microbes. The project will also comprise systematic survey of important microbial habitats within a European framework.
Keywords
ecologynext-generation-sequencingbiodiversitymetagenomicsmetatranscriptomicssoil ecology
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
COST CZ
Call for proposals
COST CZ 2 (SMSM2012LD2)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-7027/2012-36
Alternative language
Project name in Czech
Kombinace přístupů metatranskriptomiky a metagenomiky pro identifikaci aktivních mikroorganismů a jejich funkce v půdě
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na identifikaci aktivních členů mikrobiálních společenstev půdy, na základě analýzy rRNA a mRNA transkriptů metodami next-generation-sequencing. Budou vyvinuty protokoly pro reproducibilní práci s environmentálními metatranskriptomy, zejména pro eukaryotní mikroorganismy. Údaje o taxonomickém složení společenstev a o abundanci jednotlivých taxonů budou kombinovány s anotací sekvencí z transkriptomů, aby bylo možné identifikovat podíl jednotlivých skupin mikroorganismů na environmentálních procesech. Kombinace genomových sekvencí s transkriptomikou za definovaných podmínek a specifická identifikace druhově-specifických sekvencí v metatranskriptomech přispěje k objasnění autekologie vybraných mikroorganismů. Projekt bude rovněž zahrnovat systematický průzkum vybraných půd z hlediska biogeografie mikroorganismů na celoevropské úrovni.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project contributed to the development of methodical approaches to be used in metatranscriptomics and also delivered metagenomic and metatranscriptomic characteristics of soil biotopes with pan-european importance. Most emphasis was devoted to the analysis of sequencing data, obtained from selected ecosystems in the Czech Republic, Europe and worldwide.
Solution timeline
Realization period - beginning
Mar 1, 2012
Realization period - end
Jun 30, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-MSM-LD-U/02:1
Data delivery date
Oct 11, 2017
Finance
Total approved costs
1,666 thou. CZK
Public financial support
1,666 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
1 666 CZK thou.
Public support
1 666 CZK thou.
100%
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
CEP
EH - Ecology - communities
Solution period
01. 03. 2012 - 30. 06. 2015