Implementation of NGS in plant virology – unprecedented capacity with a risk of data overflow.
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
COST CZ
Call for proposals
COST CZ 5 (SMSM2015LD5)
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-33315/2015-1
Alternative language
Project name in Czech
Jak využívat a interpretovat přebytek dat z paralelního sekvenování v rostlinné virologii?
Annotation in Czech
Cílem projektu je vyhodnotit fragmentární nebo neúplné výsledky získávané pomocí vysokokapacitního sekvenování (NGS). Porovnat výsledky detekce virů pomocí NGS se standardním (RT)-(q)PCR testem. Zjistit možnost využití částečných sekvenčních dat pro diagnostiku rostlinných virů. Prozkoumat viromy jetele a chmele, jejich složení a variabilitu. S účastníky akce COST FA1407 porovnat NGS jako diagnostický nástroj u různých druhů vzorků. Shromážděné údaje by měly pomoci vyvinout principy hodnocení a kategorizace výsledků NGS pro účely certifikace osiv a sadby plodin.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Using custom enrichment protocols and NGS platform, viromes of selected red clover and hop plants were analysed. They highlighted species diversity of clover-infecting. Data analysis showed significant difference in titres of distinct viruses. Influence of various enrichment approaches on viral titres was estimated. The enrichment procedure mostly influenced low–titre viruses.
Solution timeline
Realization period - beginning
Oct 6, 2015
Realization period - end
Dec 31, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 24, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-MSM-LD-U/01:1
Data delivery date
Jun 12, 2018
Finance
Total approved costs
3,256 thou. CZK
Public financial support
1,628 thou. CZK
Other public sources
1,628 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK