The human gut virome, viruses in blood and the development of islet autoimmunity in two Nordic birth cohorts at a high risk of type 1 diabetes
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Programme to support medical applied research in 2015 to 2022
Call for proposals
Zdravotnický AV 1 (SMZ0201501)
Main participants
Univerzita Karlova / 2. lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
15-29078A
Alternative language
Project name in Czech
Lidský střevní virom, viry v krvi a rozvoj ostrůvkové autoimunity ve dvou severských novorozeneckých kohortách s vysokým rizikem diabetu 1. typu
Annotation in Czech
Testování kandidátních virů ukázalo jejich roli při iniciaci ostrůvkové autoimunity vedoucí k diabetu 1. typu, ale dosud při výzkumu této problematiky nebylo použito sekvenování nové generace (NGS) všech virových populací (tzv. viromu) ve střevě. Naším cílem je zkoumat asociaci složení lidského střevního viromu s ostrůvkovou autoimunitou právě pomocí NGS kombinovaného se specifickými PCR testy. Finská studie DIPP a norská MIDIA poskytnou dohromady vzorky od 50 dětí s časnou ostrůvkovou autoimunitou a od dvou kontrol ke každému z případů. Střevní virom bude charakterizován pomocí NGS ze vzorků stolice odebraných v pěti časových bodech před ostrůvkovou autoimunitou; potvrzení hlavních nálezů bude provedeno pomocí PCR. Navíc budou testovány virové sekvenční signatury v nukleových kyselinách extrahovaných z krve odebrané ve třech časových bodech před ostrůvkovou autoimunitou. Data budou analyzována pomocí logistické regrese se smíšenými efekty. Použití dvou rozdílných vysokorizikových kohort považujeme za unikátní z hlediska robustnosti pro detekci případné kauzální asociace viru.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
FB - Endocrinology, diabetology, metabolism, nutrition
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>30202 - Endocrinology and metabolism (including diabetes, hormones)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The present project continues the previous activity of the investigator in the field of discovering the virus (viruses) that triggers autoimmunity in patients with type 1 diabetes. The project was developed in collaboration with centers in Norway and Finland where blood and stool samples were obtained from children with a significant genetic predisposition to diabetes, some children have already developed diabetes. One hundred sixty-three diabetes-prone children and 329 control subjects were examined for intestinal virome as well as for viral signatures in 150 pre-diabetic children and adequate controls. The diabetogenic virus was not discovered, however significant data on human intestinal microbiome were obtained including new information on apparently the most common intestinal bacteriophage, CrAssphag. Advanced methods of molecular genetics and statistical processing were used. The results are excellent, being accepted into three high-ranked international journals, further article
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2015
Realization period - end
Dec 31, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 28, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-MZ0-NV-U/01:1
Data delivery date
Jun 28, 2019
Finance
Total approved costs
9,408 thou. CZK
Public financial support
9,408 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK