Využití next generation sequencing ve studiu viromu ovocných dřevin
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
COST CZ
Call for proposals
COST CZ 5 (SMSM2015LD5)
Main participants
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-33315/2015-1
Alternative language
Project name in Czech
Využití next generation sequencing ve studiu viromu ovocných dřevin
Annotation in Czech
Cílem předloženého projektu je charakterizace viromu slivoní a bezu černého pomocí sekvenování nové generace (NGS), platformy Illumina, identifikace známých i nových virů a jejich metagenomická analýza, ověření možnosti využití NGS platformy pro indexování rostlin.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Based on the NGS sequencing, the elderberry and prunuses viromes were studied. The most important results comprise indentification apricots as a new host of LChV1, first detection of PrVF, detection of CNRMV and excluding of almonds as a host of PPV in CZ. The new viruses, Sambucus virus S and Eldeberry virus 1 werre identifird, the common occurence of elderberry carlaviruses was detected.
Solution timeline
Realization period - beginning
Oct 13, 2015
Realization period - end
Dec 31, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 24, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-MSM-LD-U/01:1
Data delivery date
Jun 12, 2018
Finance
Total approved costs
1,628 thou. CZK
Public financial support
1,628 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK