Validation d'une puce à ADN taxonomique et caractérisation de la diversité bactérienne du sol.
Project goals
L'objectif est de valider une puce à ADN taxonomique pour caractériser (génotyper) la biodiversité bactérienne de milieux complexes. Cette puce est constituée de sondes pour le gène rrs (ADNr 16S), qui est le principal marqueur génétique utilisé pour caractériser les bactéries. Cette approche puce a été initiée à Lyon et à Prague avec un prototype de presque un millier de sondes, qui ciblent les bactéries à différents niveaux taxonomiques, allant des grands phylas aux genres etespèces. Le projet consiste à développer ce prototype, afin d'atteindre plus d'un millier de sondes, et à le valider pour explorer la diversité bactérienne dans les sols. Les échanges seront particulièrement importants pour harmoniserles solutions techniques déjà utilisées dans ces laboratoires, rendre les technologies compatibles, et pour former des chercheurs qui pourront utiliser la puce dans différentes thématiques. Le prototype déjà disponible a été peu valorisé jusq
Keywords
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
KONTAKT
Call for proposals
—
Main participants
—
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
9113/2008-32
Alternative language
Project name in Czech
Validace taxonomick0ho DNA microarraye a určení bakteriální diverzity v půdě.
Annotation in Czech
Cílem naší spolupráce je validace taxonomického microarraye, který bude sloužit k určování bakteriální diverzity v komplexním prostředí. Microarray je vytvořen ze sond specifických sekvencí genu pro 16S rRNA. Sekvence tohoto genu jsou standardně využívány pro taxonomické třídění bakterií. Prototyp tohoto microarraye s přibližně tisíci sondami z různých taxonomických úrovní od kmenů po rody a druhy byl již připraven spolupracovníky z Lyonu a Prahy. Projekt bude zaměřen na rozšíření prototypu o další stovky sond a na hodnocení jeho funkce při průzkumu bakteriální diverzity v půdách z různých prostředí. Spolupráce mezi pracovišti je potřebná především pro sjednocení technik nyní používaných v obou laboratořích, směnu metod a pro zaškolení pracovníků, kteří by microarray využívali k různorodým účelům. Současný prototyp byl zatím jen velmi málo ověřován v přírodních podmínkách. Nový microarray by měl sloužit nejen k obecnému hodnocení diverzity půdních bakterií, ale bude zaměřen také na studium půd bohatý
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
EH - Ecology - communities
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10618 - Ecology
10619 - Biodiversity conservation
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Validation of the actinomycete microarray was performed using 29 actinomycete and 17 other bacterial strains. Comparison of signals, probe/target mismatch values and the Gibbs energy revealed its high sensitivity, only 1.3% signals were not specific.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2008
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Aug 7, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-MSM-ME-U/02:2
Data delivery date
May 7, 2010
Finance
Total approved costs
50 thou. CZK
Public financial support
50 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
50 CZK thou.
Public support
50 CZK thou.
0%
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
CEP
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
Solution period
01. 01. 2008 - 31. 12. 2008