Identification and biotyping of phytopathogens of cultivated plants using mass spectrometry
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
KONTAKT
Call for proposals
—
Main participants
—
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
7535/2010-32
Alternative language
Project name in Czech
Identifikace a biotypizace fytopatogenů kulturních rostlin pomocí hmotnostní spektrometrie
Annotation in Czech
Plísně jsou obligátními biotrofními patogeny rostlin, které způsobují vážná onemocnění ekonomicky důležitých plodin. Jejich současná diagnostika je založena na kombinaci specifičnosti hostitele, symptomech a mikroskopii. Ačkoli bývá význam fenotypových rysů diskutován, mikroskopická pozorování zůstávají nenahraditelnými. Tato metoda je však silně závislá na praxi a zkušenostech fytopatologa. Navrhujeme vypracovat alternativní přístup založený na hmotnostní spektrometrii, která vyžaduje pouze malé množství materiálu a přitom využívá velmi rychlého a relativně jednoduchého zpracování vzorku a interpretace dat. Vyhledávání v databázi založené na porovnávání typických a neznámých hmotnostních spekter umožňuje identifikaci a taxonomickou klasifikaci mikroorganismů např. analýzou hlavních komponent. Většina plánovaných experimentů bude založena na hmotnostně spektrometrické analýze povrchových proteinů uvolněných působením kyseliny na rostlinné patogeny. V rámci projektu se předpokládá předání know-how rak
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
EF - Botany
CEP - another secondary branch
CB - Analytical chemistry, separation
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10406 - Analytical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
An alternative diagnostic approach for fungal phytopathogens was investigated utilizing intact spore MALDI-TOF mass spectrometry. Experimental work involved optimization of sample preparation method and measurements from infected host?s leaves.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2011
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 21, 2011
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP12-MSM-ME-U/01:1
Data delivery date
Jul 12, 2012
Finance
Total approved costs
160 thou. CZK
Public financial support
160 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK