All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Advanced sequencing methods for deciphering structural variants in cancer genome

Public support

  • Provider

    Ministry of Health

  • Programme

  • Call for proposals

    SMZ0202100001

  • Main participants

    Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    NU21-08-00237

Alternative language

  • Project name in Czech

    Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu

  • Annotation in Czech

    K typickým znakům nádorových buněk, spojeným s nepříznivou prognózou pacientů, řadíme komplexní karyotyp (KK), který často zahrnuje dicentrické chromozomy (DC) a chromothripsis (cth). Metody klasické a molekulární cytogenetiky v takových případech neposkytují detailní informace o genomické sekvenci a strukturních variantách, které jsou přínosné pro identifikaci molekulárních markerů nemoci a potenciálních terapeutických cílů. Sekvenování pomocí dlouhých čtení je technikou, která umožňuje čtení sekvence DNA dlouhé několik kilobazí a poskytuje podrobné informace o primární struktuře DNA a přestavbách genomu, což může být s výhodou využito pro monitorování onemocnění a stanovení prognózy. V rámci projektu využijeme sekvenování pomocí dlouhých čtení k analýze vzorků od pacientů s chronickou lymfocytární leukémií (CLL) nesoucích DC či cth. Vlastní sekvenování bude doplněno vytvořením bioinformatických postupů umožňujících mapování a charakterizaci genomických zlomů. Na základě získaných informací budou charakterizovány derivované chromozomy, k získání jejich přesné struktury navíc využijeme metody pro studium chromatinových interakcí. S využitím klinicko-biologických dat provedeme analýzy přežití a charakterizujeme evoluci abnormalit v závislosti na podané léčbě. Předpokládáme, že naše poznatky objasní nejednoznačné cytogenetické nálezy v případech, kde nestačí standardní diagnostické metody, a poskytnou nový pohled na to, jak určité aberace ovlivňují průběh onemocnění a odpověď na léčbu. Naším cílem je též zhodnotit výhody pokročilých sekvenačních metod pro diagnostiku.

Scientific branches

  • R&D category

    AP - Applied research

  • OECD FORD - main branch

    30101 - Human genetics

  • OECD FORD - secondary branch

    30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])

  • OECD FORD - another secondary branch

    30204 - Oncology

  • CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    EB - Genetics and molecular biology<br>EI - Biotechnology and bionics<br>FD - Oncology and haematology

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    May 1, 2021

  • Realization period - end

    Dec 31, 2024

  • Project status

    K - Ending multi-year project

  • Latest support payment

    Apr 28, 2023

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP24-MZ0-NU-R

  • Data delivery date

    Feb 21, 2024

Finance

  • Total approved costs

    12,765 thou. CZK

  • Public financial support

    12,765 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK