Advanced sequencing methods for deciphering structural variants in cancer genome
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202100001
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU21-08-00237
Alternative language
Project name in Czech
Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu
Annotation in Czech
K typickým znakům nádorových buněk, spojeným s nepříznivou prognózou pacientů, řadíme komplexní karyotyp (KK), který často zahrnuje dicentrické chromozomy (DC) a chromothripsis (cth). Metody klasické a molekulární cytogenetiky v takových případech neposkytují detailní informace o genomické sekvenci a strukturních variantách, které jsou přínosné pro identifikaci molekulárních markerů nemoci a potenciálních terapeutických cílů. Sekvenování pomocí dlouhých čtení je technikou, která umožňuje čtení sekvence DNA dlouhé několik kilobazí a poskytuje podrobné informace o primární struktuře DNA a přestavbách genomu, což může být s výhodou využito pro monitorování onemocnění a stanovení prognózy. V rámci projektu využijeme sekvenování pomocí dlouhých čtení k analýze vzorků od pacientů s chronickou lymfocytární leukémií (CLL) nesoucích DC či cth. Vlastní sekvenování bude doplněno vytvořením bioinformatických postupů umožňujících mapování a charakterizaci genomických zlomů. Na základě získaných informací budou charakterizovány derivované chromozomy, k získání jejich přesné struktury navíc využijeme metody pro studium chromatinových interakcí. S využitím klinicko-biologických dat provedeme analýzy přežití a charakterizujeme evoluci abnormalit v závislosti na podané léčbě. Předpokládáme, že naše poznatky objasní nejednoznačné cytogenetické nálezy v případech, kde nestačí standardní diagnostické metody, a poskytnou nový pohled na to, jak určité aberace ovlivňují průběh onemocnění a odpověď na léčbu. Naším cílem je též zhodnotit výhody pokročilých sekvenačních metod pro diagnostiku.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30101 - Human genetics
OECD FORD - secondary branch
30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])
OECD FORD - another secondary branch
30204 - Oncology
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology<br>EI - Biotechnology and bionics<br>FD - Oncology and haematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project fulfilled the approved scientific objectives and produced significant results in the analysis of complex structural genome rearrangements in chronic lymphocytic leukemia. The research team established a well-characterized patient cohort and implemented and compared modern cytogenomic methods, including nanopore sequencing, short-read whole-genome sequencing, Micro-C and optical genome mapping. The data reported by the investigators appear adequate and well documented. The main contribution of the project lies in methodological comparison, optimization of analytical workflows and creation of a basis for future improvement of CLL diagnostics and prognostic stratification. The project also generated strong publication and conference outputs and contributed to the training of junior researchers. No major deficiencies in compliance with the funding documentation or in financial management were identified. Overall, this was a highly successful project with excellent results.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2021
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 4, 2025
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP26-MZ0-NU-U
Data delivery date
Jul 13, 2026
Finance
Total approved costs
12,733 thou. CZK
Public financial support
12,733 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK