Advanced molecular testing for aggregate diagnosis and management of DLBCL patients: engagement of gene expression profiling, liquid biopsy and long-read sequencing
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-08-00227
Alternative language
Project name in Czech
Pokročilé molekulární analýzy pro komplexní diagnostiku a monitorování pacientů s difúzním velkobuněčným B-lymfomem: využití profilování genové exprese, tekutých biopsií a sekvenování třetí generace
Annotation in Czech
Difúzní velkobuněčný B-lymfom (DLBCL) je nejčastějším typem non-Hodgkinských lymfomů u dospělých, pro který je charakteristická výrazná heterogenita klinicko-patologických i genetických vlastností. Navzdory značnému pokroku v molekulární klasifikaci i terapii tohoto typu lymfomu, 30-40 % pacientů přesto prodělá relaps onemocnění nebo je na léčbu refrakterní. V současné době je v popředí klinicky orientovaného výzkumu DLBCL zejména vývoj rutinních molekulárních vyšetření a také možnosti cílené personalizované terapie. V navrhovaném projektu si klademe za cíl přispět k lepší biologické charakterizaci a prognostické stratifikaci pacientů za pomoci moderních metod použitelných v rutinní klinické praxi. Plánujeme zavést metodu na profilování genové exprese a statistického nástroje pro rozlišení ABC a GCB podtypů, analyzovat pacient-specifické markery pomocí NGS ve volné DNA z tekutých biopsií (plazma a likvor) pro monitorování choroby a včasný záchyt pacientů s vysokým rizikem relapsu nebo infiltrace centrální nervové soustavy a v neposlední řadě identifikovat tzv. double a triple-hit lymfomy pomocí sekvenování dlouhých readů (Nanopore technologie). Tyto metody mohou být využitelné v běžné praxi jako alternativní nebo doplňkové technologie ke standardním vyšetřením u DLBCL pacientů. Předpokládáme, že vhodné nástroje pro identifikaci pacientů se špatnou prognózou pomůžou lékařům zlepšit péči o tyto pacienty a přinést tak prospěch pro jejich přežití. Náš projekt může tedy přispět k praktickému využití precizní medicíny u DLBCL.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EI - Biotechnology and bionics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project successfully validated three methodological pillars for diagnosing DLBCL and CNS lymphomas: qPCR gene expression profiling (ABC/GCB subtypes), NGS-based ctDNA analysis from CSF (LYNX panel/dPCR), and Nanopore sequencing with CRISPR/Cas9 for translocation detection. Results fully align with the objectives, exceeding them in publication and practical outcomes. Data from the target sample size were systematically analysed and clinically interpreted. The research delivers direct clinical benefits; CSF ctDNA testing has been implemented at University Hospital Brno, improving CNS lymphoma detection. The new qPCR assay enables patient stratification for targeted therapy. Undergraduate and postgraduate students successfully participated. Objectives were exceeded: 3 papers were published in international Q1/Q2 IF journals, 1 manuscript is under review, 2 national papers were published, and findings were presented at conferences. Financial expenditure complied with all regulations.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 4, 2025
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP26-MZ0-NU-U
Data delivery date
Jul 13, 2026
Finance
Total approved costs
12,759 thou. CZK
Public financial support
12,759 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK