Improvement of national-wide genomic evaluation of dairy cattle by including cows with domestic production records into genotyped reference population
Public support
Provider
Ministry of Agriculture
Programme
Applied „ZEMĚ“ research programme of the Ministry of Agriculture for the period of 2017–2025
Call for proposals
VaV pro Ministerstvo zemědělství II 2 (SMZE2018MZE01)
Main participants
Výzkumný ústav živočišné výroby, v.v.i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
931-2017-1415
Alternative language
Project name in Czech
Navýšení spolehlivosti celostátního genomického hodnocení dojeného skotu zařazením krav s domácí užitkovostí do genotypované referenční populace
Annotation in Czech
Zvýšení spolehlivosti systému celostátního hodnocení dojeného skotu zvětšením referenční populace SNP genotypováním krav s domácí užitkovostí. S tím souvisí ekonomická optimalizace techniky odběrů zdrojů DNA v chovech pro čipové a NGS technologie v servisní laboratoři, úprava a imputace vstupních údajů z čipů na jednotný formát umožňující porovnání jedinců a ověřování původu v propojení s testy statusu genů s vlivem na zdraví a užitkovost (dosud testováno odděleně STR technologií). Návazně bude populační studie na úrovni jednotlivých SNP a stanovení genetických rozdílů na úrovni DNA mezi domácí populací krav a populací dovážených zahraničních plemeníků (tvorba skupin do BLUP). Konečným cílem je algoritmus stanovení genomické plemenné hodnoty (GEPH) s využitím všech genotypovaných jedinců.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
40201 - Animal and dairy science; (Animal biotechnology to be 4.4)
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
GG - Zootechnics<br>GH - Nutrition of farm animals
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Within the project, 3 scientific articles were published and applied in the project in journals with IF during the five-year period of the project. 5 certified methodologies and 2 Jsc articles were produced. Partial changes in the content of the planned results were made during the course of the solution, which were triggered by the findings during the solution. Furthermore, during the project, additional results were created - 1x Nmets, 1x R (software), 1x Jimp and 1x Jsc.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 11, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-MZE-QK-U
Data delivery date
Jun 16, 2023
Finance
Total approved costs
12,913 thou. CZK
Public financial support
12,913 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK