Detection of garlic viruses using SYBR Green Real-Time RT PCR
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027006%3A_____%2F12%3A00002215" target="_blank" >RIV/00027006:_____/12:00002215 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Detekce virů česneku pomocí SYBR Green Real-Time RT PCR
Original language description
Pro detekci virů česneku Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV) a Mite-borne filamentous virus (MbFV) byly navrženy primery na základě sekvencí genu pro plášťový protein a byla optimalizována metoda SYBR Green real-time RT PCR. Touto metodou byl provedeno stanovení obsahu pěti uvedených druhů virů u 50 genotypů česneku (Allium sativum L.) pocházejícího z různých zemí světa a u 24 genotypů česneku po odvirování. Účinnosti reakcí byly 97 % (OYDV), 93 % (LYSV), 99 % (SVL), 98 % (GCLV) a 87 % (MbFV). Detekční limit pro OYDV, LYSV a GCLV je 5 kopií, u SLV 15 kopií a u MbFV 130 kopií genu pro plášťový protein. Ve srovnání s ELISA byla přítomnost virů prokázána u většíhoprocenta studovaných genotypů. Nejvíce byly vzorky napadeny virem OYDV a GCLV.
Czech name
Detekce virů česneku pomocí SYBR Green Real-Time RT PCR
Czech description
Pro detekci virů česneku Onion yellow dwarf virus (OYDV), Leek yellow stripe virus (LYSV), Garlic common latent virus (GCLV), Shallot latent virus (SLV) a Mite-borne filamentous virus (MbFV) byly navrženy primery na základě sekvencí genu pro plášťový protein a byla optimalizována metoda SYBR Green real-time RT PCR. Touto metodou byl provedeno stanovení obsahu pěti uvedených druhů virů u 50 genotypů česneku (Allium sativum L.) pocházejícího z různých zemí světa a u 24 genotypů česneku po odvirování. Účinnosti reakcí byly 97 % (OYDV), 93 % (LYSV), 99 % (SVL), 98 % (GCLV) a 87 % (MbFV). Detekční limit pro OYDV, LYSV a GCLV je 5 kopií, u SLV 15 kopií a u MbFV 130 kopií genu pro plášťový protein. Ve srovnání s ELISA byla přítomnost virů prokázána u většíhoprocenta studovaných genotypů. Nejvíce byly vzorky napadeny virem OYDV a GCLV.
Classification
Type
D - Article in proceedings
CEP classification
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/QH71228" target="_blank" >QH71228: Optimalization of recovery methods and in vitro propagation for purpose of long-time preservation by cryoconservation of national garlic genotypes</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2012
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Article name in the collection
Česnek ve 21. století
ISBN
978-80-7427-102-1
ISSN
—
e-ISSN
—
Number of pages
8
Pages from-to
45-52
Publisher name
Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
Place of publication
Praha
Event location
Regionální centrum Olomouc
Event date
Jan 1, 2012
Type of event by nationality
CST - Celostátní akce
UT code for WoS article
—