Salmonella Typhimurium typing by prophage-specific PCR

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F07%3A8P012369" target="_blank" >RIV/00027162:_____/07:8P012369 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Typizace Salmonella enterica serovar Typhimurium pomocí profágové PCR

Original language description

Nedávné výsledky microarray analýz naznačily, že nejčastějším zdrojem variability mezi kmeny Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) jsou integrované profágy. To vedlo k hypotéze, že průkaz těchto profágů pomocí PCR by mohl být účinným nástrojem k typizaci S. Typhimurium srovnatelný s makrorestrikční analýzou. Proto jsme navrhli a optimalizovali 4 triplex PCR, které jsou specifické k 12 genů obvykle profágového původu. Následně bylo vyšetřeno 102 terénních kmenů jak touto PCR, tak i pomocí makrorestrikční analýzy. Mezi těmito kmeny bylo pomocí multiplex PCR rozlišeno 22 různých typů a pomocí makrorestrikční analýzy 25 různých typů. Přestože byla makrorestrikční analýza o něco účinnější, multiplex PCR díky své jednoduchosti a možnosti snadného sdílení výsledků různými laboratořemi nabízí zajímavou, uživatelsky přívětivou alternativu k makrorestrikční analýze.

Czech name

Typizace Salmonella enterica serovar Typhimurium pomocí profágové PCR

Czech description

Nedávné výsledky microarray analýz naznačily, že nejčastějším zdrojem variability mezi kmeny Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) jsou integrované profágy. To vedlo k hypotéze, že průkaz těchto profágů pomocí PCR by mohl být účinným nástrojem k typizaci S. Typhimurium srovnatelný s makrorestrikční analýzou. Proto jsme navrhli a optimalizovali 4 triplex PCR, které jsou specifické k 12 genů obvykle profágového původu. Následně bylo vyšetřeno 102 terénních kmenů jak touto PCR, tak i pomocí makrorestrikční analýzy. Mezi těmito kmeny bylo pomocí multiplex PCR rozlišeno 22 různých typů a pomocí makrorestrikční analýzy 25 různých typů. Přestože byla makrorestrikční analýza o něco účinnější, multiplex PCR díky své jednoduchosti a možnosti snadného sdílení výsledků různými laboratořemi nabízí zajímavou, uživatelsky přívětivou alternativu k makrorestrikční analýze.

Type

X - Unclassified

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů