Salmonella enterica serovar Typhimurium typing by prophage-specific PCR

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00027162%3A_____%2F08%3A%230000348" target="_blank" >RIV/00027162:_____/08:#0000348 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Salmonella enterica serovar Typhimurium typing by prophage-specific PCR

Original language description

Recent data from microarray analysis showed that the most frequent sources of genomic variation between different Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) strains are integrated prophages. This led us to a hypothesis that PCR detection ofthe integrated prophages might be an efficient typing tool alternative to pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). In this study we therefore optimised 4 triplex PCRs specific for 12 target sequences of mostly prophage origin and tested them in 102 field strains. The same set of strains was characterized also by PFGE. Among these strains, 22 different multiplex PCR and 25 different PFGE profiles were identified. Despite the fact that the PFGE was slightly more discriminatory, the multiplex PCR typing due to its simplicity and potential of simple data sharing between laboratories represents an interesting, user-friendly alternative to the PFGE typing of S. Typhimurium.

Czech name

Typizace Salmonella enterica serovar Typhimurium pomocí multiplex PCR založené na detekci profágové DNA

Czech description

Data z microarray analýz u Salmonella Typhimurium ukázaly, že největší variabilita mezi kmeny tohoto serovaru je založena na přítomnosti či nepřítomnosti profágů v genomu. To nás vedlo k myšlence využít přítomnosti profágů jako cíle pro PCR diferenciaciterénních kmenů. V této práci jsme proto optimalizovali 4 triplex PCR specifické pro 12 cílových sekvencí převážně fágového původu a u 102 kmenů jsme pak prokázali, že tato multiplex PCR má téměř stejnou rozlišovací schopnost jako pulsní gelová elektroforéza (22 různých PCR typů a 25 různých PFGE typů). Přestože měla PFGE mírně vyšší rozlišovací schopnost, vzhledem k jednoduchosti a snadnosti sdílení výsledků představuje multiplex PCR zajímavou alternativu k PFGE typizaci Salmonella Typhimurium.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/1B44020" target="_blank" >1B44020: The pathogenesis of enteric colibacillosis and salmonellosis of pigs.</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Microbiology-SGM

ISSN

1350-0872

e-ISSN

—

Volume of the periodical

154

Issue of the periodical within the volume

5

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

6

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000256113900013

EID of the result in the Scopus database

—