FireProt 2.0: Web-based Platform for the Fully-Automated Design of Thermostable Proteins
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00159816%3A_____%2F23%3A00079802" target="_blank" >RIV/00159816:_____/23:00079802 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
FireProt 2.0: Webová platforma pro plně automatizovaný návrh termostabilních proteinů
Original language description
Protokol FireProt umožňuje automatizovaný výpočetní návrh vysoce stabilních vícebodových mutantů. FireProt 2.0 integruje databázi AlphaFold a homologické modelování pro predikci struktury; což umožňuje výpočty začínající sekvencí. Vícebodové návrhy jsou konstruovány pomocí Bron-Kerboschova algoritmu; který minimalizuje antagonistický efekt mezi jednotlivými mutacemi. Uživatelé mohou nově omezit výpočet FireProtu na sadu uživatelsky definovaných mutací; spustit saturační mutagenezi celého proteinu nebo vybrat rigidifikující mutace na základě B-faktorů. Evolučně založená strategie "back-to-consensus" je doplněna rekonstrukcí ancestrální sekvence.
Czech name
FireProt 2.0: Webová platforma pro plně automatizovaný návrh termostabilních proteinů
Czech description
Protokol FireProt umožňuje automatizovaný výpočetní návrh vysoce stabilních vícebodových mutantů. FireProt 2.0 integruje databázi AlphaFold a homologické modelování pro predikci struktury; což umožňuje výpočty začínající sekvencí. Vícebodové návrhy jsou konstruovány pomocí Bron-Kerboschova algoritmu; který minimalizuje antagonistický efekt mezi jednotlivými mutacemi. Uživatelé mohou nově omezit výpočet FireProtu na sadu uživatelsky definovaných mutací; spustit saturační mutagenezi celého proteinu nebo vybrat rigidifikující mutace na základě B-faktorů. Evolučně založená strategie "back-to-consensus" je doplněna rekonstrukcí ancestrální sekvence.
Classification
Type
R - Software
CEP classification
—
OECD FORD branch
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Result continuities
Project
<a href="/en/project/LX22NPO5107" target="_blank" >LX22NPO5107: National institute for Neurological Research</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2023
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
SW_4_2023
Technical parameters
V budoucnu je plánována komerční nabídka potencionálním partnerům z komerční sféry.
Economical parameters
Doposud je využíváno interně k výzkumným účelům.
Owner IČO
00159816
Owner name
Fakultní nemocnice u sv. Anny v Brně