Determination of Enthalpy and Entropy Changes upon NA Melting: Raman Study of Modified Thymidine Pentadecamers Complexes with Poly(rA)

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216208%3A11320%2F04%3A00003083" target="_blank" >RIV/00216208:11320/04:00003083 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Determination of Enthalpy and Entropy Changes upon NA Melting: Raman Study of Modified Thymidine Pentadecamers Complexes with Poly(rA)

Original language description

Hybridization properties of a novel type of internucleotide linkage modification have been studied by using multivariate analysis of concentration and temperature dependent Raman spectra. The linkage consists in an insertion of CH2 group into the phosphodiester bond. Four phosphonate oligothymidylates differing in number and distribution of modified linkages were investigated in mixed solutions with poly(rA). The developed method allows simultaneous characterization of structural and thermodynamic properties of complexes. Except the 3'-side all-phosphonate oligothymidylate, all pentadecamers as well as natural (dT)15 form stable Watson-Crick duplexes. Duplex stability increases in the order alternating (3'-type) ~ all-phosphonate (5'-type) < (dT)15 < alternating (5'-type). Raman spectra revealed unusual conformation of both strands in the duplexes. The increased stability of the DNA:RNA hybrid duplex correlates with its more regular structure.

Czech name

Určení změn entalpie a entropie během tání nukleových kyselin: Ramanova studie komplexů modifikovaných thymidinových pentadekamerů s poly(rA)

Czech description

Hybridizační vlastnosti nového typu modifikace internukleotidové spojky byly studovány vícerozměrnou analýzou koncentračně a teplotně závislých Ramanových spekter. Modifikace spojky spočívala v začlenění CH2 skupiny do fosfodiesterové vazby. Čtyři fosfonátové thymidinové oligonukleotidy lišící se v počtu a rozložení modifikovaných spojek byly studovány ve směsných roztocích s poly(rA). Vyvinutá metoda umožňuje současně charakterizovat strukturní a termodynamické vlastnosti komplexů. Vyjma plně 3'-fosfonátového oligonukleotidu všechny pentadekamery vytvářejí stejně jako přirozený (dT)15 stabilní Watson-Crickovské duplexy. Stabilita duplexů roste v pořadí: alternující 3'-typ ~ plně modifikovaný 5'-typ < (dT)15 < alternující 5'-typ. Ramanova spektra duplexů ukázala nezvyklou konformaci obou vláken v duplexech. Zvýšená stabilita DNA:RNA hybridních duplexů odpovídá jejich více uspořádané a rigidní struktuře.

Type

D - Article in proceedings

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Article name in the collection

XXVII European congress on molecular spectroscopy

ISBN

83-89541-21-1

ISSN

—

e-ISSN

—

Number of pages

1

Pages from-to

411-411

Publisher name

Wydawnictwo Naukowe

Place of publication

Krakov

Event location

Krakov

Event date

Jan 1, 2004

Type of event by nationality

EUR - Evropská akce

UT code for WoS article

—