Analysis of cell death type by quantitative phase imaging

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14110%2F22%3A00129626" target="_blank" >RIV/00216224:14110/22:00129626 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Analýza typu buněčné smrti kvantitativně-fázovým zobrazováním

Original language description

Vytvořená metoda dokáže na základě dynamiky distribuce buněčné hmoty v prostoru, bez použití barviv a protilátek, detekovat okamžik smrti buněk ve sledované populaci, zároveň také dokáže odlišit lytickou buněčnou smrt (nekrózu) od apoptózy. Co se týče odlišení specifických typů lytické buněčné smrti – různých typů nekróz, bude pravděpodobně třeba lépe optimalizovat využití jejich induktorů a inhibitorů, protože se nedařilo indukovat pouze požadované typy buněčné smrti a vzniklé datasety tak neposkytly pro analýzu obrazu dostatečně specifický materiál metodám hlubokého učení. Celkový potenciál této metody je však velký a nabízí využití nejen v oblasti detekce a analýzy buněčné smrti, ale i při detekci jiných buněčných procesů. Pro analýzu QPI obrazu byl vytvořen program v jazyce Python pro automatickou segmentaci buněk a extrakci analyzovaných parametrů (dostupný zde: https://github.com/tomasvicar/Cell_deatch_analysis).

Czech name

Analýza typu buněčné smrti kvantitativně-fázovým zobrazováním

Czech description

Vytvořená metoda dokáže na základě dynamiky distribuce buněčné hmoty v prostoru, bez použití barviv a protilátek, detekovat okamžik smrti buněk ve sledované populaci, zároveň také dokáže odlišit lytickou buněčnou smrt (nekrózu) od apoptózy. Co se týče odlišení specifických typů lytické buněčné smrti – různých typů nekróz, bude pravděpodobně třeba lépe optimalizovat využití jejich induktorů a inhibitorů, protože se nedařilo indukovat pouze požadované typy buněčné smrti a vzniklé datasety tak neposkytly pro analýzu obrazu dostatečně specifický materiál metodám hlubokého učení. Celkový potenciál této metody je však velký a nabízí využití nejen v oblasti detekce a analýzy buněčné smrti, ale i při detekci jiných buněčných procesů. Pro analýzu QPI obrazu byl vytvořen program v jazyce Python pro automatickou segmentaci buněk a extrakci analyzovaných parametrů (dostupný zde: https://github.com/tomasvicar/Cell_deatch_analysis).

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Project

<a href="/en/project/TP01010039" target="_blank" >TP01010039: Strengthening the commercialization system of R&D results at Masaryk University</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2022

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů