Evolution and trans-species polymorphism of MHC class IIB genes in cyprinid fish

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F00216224%3A14310%2F05%3A00012368" target="_blank" >RIV/00216224:14310/05:00012368 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Evolution and trans-species polymorphism of MHC class IIB genes in cyprinid fish

Original language description

The polymorphism of DAB genes encoding MHC IIb was investigated in 11 cyprinid species from central Europe.The species belonged to four subfamilies: Cyprininae, Tincinae, Gobioninae and Leuciscinae. Two paralogous groups of sequences, DAB1 and DAB3, wererecognised according to the similarity of their nucleotide and amino-acid sequences and from phylogenetic analyses using either partial exon 2 or partial exon 3 sequences. A high allelic variability among species was found for exon 2, indicating extensive MHC polymorphism. Time divergence estimation supports the separation of DAB1 and DAB3 groups predating the separation into fish subfamilies, and a cyprinid origin of the DAB genes. Phylogenetic trees using exon 2 support the hypothesis of trans-species polymorphism, which appears to be limited to the subfamily level, i.e. the presence of sequences from different species in the same allelic group was more often recognised within subfamilies Cyprininae and Leuciscinae than between them.

Czech name

Evoluce a transdruhový polymorfizmus MHC genů třídy IIB u kaprovitých ryb

Czech description

Polymorfizmus DAB genů kódujících MHC IIB byl studován u 11 druhů kaprovitých ryb ze střední Evropy. Druhy patří podčeledím: Cyprininae, Tincinae, Gogioninae a Leuciscinae. Vysoká alelická variabilita byla zaznamenaná u exonu 2, což indikuje extenzívní MHC polymorfizmus. Byly identifikovány dvě paralogní skupiny genů: DAB1 a DAB3, které byly rozlišeny na základě nukleotidových a jim korespondujících aminokyselinových sekvencí a rovněž na základě fylogenetických analýz parciálních sekvencí exonu 2 a exonu 3. Fylogenetická studie parciálního exonu 2 demonstrovala trans-druhový polymorfizmus, který se zdá být limitován na úroveň rybích podčeledí, tj. přítomnost alel určité alelické skupiny byla rozeznaná zejména u druhů stejné podčeledě a sdílení stejnýchalel nebo alel s podobnými motivy mezi druhy různých podčeledí bylo vzácné. Fylogenetická studie exonu 3 potvrdila podobnost se vztahy dříve zaznamenanými pro systematiku čeledě Cyprinidae. Specifické nukleotidy a aminokyseliny separoval

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA524%2F04%2F1128" target="_blank" >GA524/04/1128: MHC class IIB genes of European cyprinid fish: their genetic variability and evolution in relation to the host life-history traits and parasitism</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2005

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Fish and Shellfish Immunology

ISSN

1050-4648

e-ISSN

—

Volume of the periodical

18

Issue of the periodical within the volume

3

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

24

Pages from-to

199-222

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—