Genetic diversity and population structure of pea (Pisum sativum L.) varieties derived from combined retrotransposon, microsatellite and morphological marker analysis.

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F26784246%3A_____%2F08%3A%230000047" target="_blank" >RIV/26784246:_____/08:#0000047 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/26784246:_____/08:#0000096

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Genetic diversity and population structure of pea (Pisum sativum L.) varieties derived from combined retrotransposon, microsatellite and morphological marker analysis.

Original language description

One hundred and sixty-four accessions representing Czech and Slovak pea (Pisum sativum L.) varieties bred over the last 50 years were evaluated for genetic diversity using morphological, simple sequence repeat (SSR) and retrotransposon-based insertion polymorphism (RBIP) markers. Polymorphic information content (PIC) values of 10 SSR loci and 31 RBIP markers were on average high at 0.89 and 0.73, respectively. To enable integration and evaluation of all data types, a Bayesian method for clustering was applied.A core collection of 34 samples was derived from the complete collection by BAPS Bayesian analysis. Values for average gene diversity and allelic richness for molecular marker loci and diversity indexes of phenotypic data were found to be similarbetween the two collections, showing that this is a useful approach for representative core selection.

Czech name

Aanalýza geentické diverzity a populační struktury kolekce hrachu (Pisum sativum L.) pomocí kombinované analýzy mikrosatelitních, retrotransposonových a morfologických markerů.

Czech description

164 položek hrachu, představujících české a slovenské šlechtění během posledních 50 let bylo analyzováno pomocí mikrosatelitních, retrotranspsonových a klasických morfoligickým markerů. Celkem bylo použito 10 SSR a 31 RBIP lokusů, společně s 15 kvalitativními a 18 kvantitativními morfologickými znaky. Bylo provedeno vyhdonocení pomocí Wardovy metody s odhadem 9 shluků na základě molekulárních dat a 5 až 7 shluky na základě morfologických znaků. Dále byly spočteny hodnoty PCA a MDS. Pro možnost integraceobou typů dat byla využita Bayesiánká metoda analýzy, na jejímž základě bylo vybrano 34 položek do core kolekce, plně representujících genetickou diverzitu původní kolekce. Porovnání genetické diverzity všech sledovaných znaků výchozí a core kolekcí, potvrdilo vhodnost této metody.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Theoretical and Applied Genetics

ISSN

0040-5752

e-ISSN

—

Volume of the periodical

117

Issue of the periodical within the volume

3

Country of publishing house

DE - GERMANY

Number of pages

12

Pages from-to

320-332

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—