A Scalable Method for Efficient Stem Cell Donor HLA Genotype Match Determination

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F49777513%3A23520%2F14%3A43920535" target="_blank" >RIV/49777513:23520/14:43920535 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Metodika vyhledávání dárce dle DNA faktorů

Original language description

Jedná se o metodiku vyhledávání potenciálně shodných dárců kostní dřeně, která je založena na využití pravděpodobnostních modelů haplotypů nepříbuzných jedinců s nejednoznačnou typizací a pravděpodobnostních modelů shod pacient-dárce. Vstupem pro vyhledávání je aktuální seznam všech známých haplotypů a provedené typizace dárců. Metodika popisuje jednotlivé kroky potřebné pro vyhledání potenciálně shodných dárců, konkrétně rozklad variant antigenů na jednotlivé možné varianty pro všechny lokusy v závislosti na rozlišení typizace (rozklad NMDP, MAC kódů, sérologická data apod.), metody sestavování kombinací všech možných haplotypů (HLA-A/B/C/DRB1/DQB1 a jejich podmnožin) nad možnými variantami a tvorbu všech možných genotypů pro každého dárce, EM algoritmus využívaný pro odhad pravděpodobností genotypů i haplotypů (identifikace pravděpodobnostních modelů) a realizaci samotného vyhledávání dle požadovaných kritérií včetně vizualizace výsledků vyhledávání.

Czech name

Metodika vyhledávání dárce dle DNA faktorů

Czech description

Jedná se o metodiku vyhledávání potenciálně shodných dárců kostní dřeně, která je založena na využití pravděpodobnostních modelů haplotypů nepříbuzných jedinců s nejednoznačnou typizací a pravděpodobnostních modelů shod pacient-dárce. Vstupem pro vyhledávání je aktuální seznam všech známých haplotypů a provedené typizace dárců. Metodika popisuje jednotlivé kroky potřebné pro vyhledání potenciálně shodných dárců, konkrétně rozklad variant antigenů na jednotlivé možné varianty pro všechny lokusy v závislosti na rozlišení typizace (rozklad NMDP, MAC kódů, sérologická data apod.), metody sestavování kombinací všech možných haplotypů (HLA-A/B/C/DRB1/DQB1 a jejich podmnožin) nad možnými variantami a tvorbu všech možných genotypů pro každého dárce, EM algoritmus využívaný pro odhad pravděpodobností genotypů i haplotypů (identifikace pravděpodobnostních modelů) a realizaci samotného vyhledávání dle požadovaných kritérií včetně vizualizace výsledků vyhledávání.

Type

N_metC - Methodology certified by the authorised body

CEP classification

IN - Informatics

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/TA01010342" target="_blank" >TA01010342: Research and development of advanced IT technologies for support of bone marrow donor searching for transplantation</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2014

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

DNAvyhledavani

Regulation ID

20140101 - STDC - Standards, Search Algorithm Subcommittee - http://login.wmda.info/index.php?id=qawg-sa-gen&type=1

Technical parameters

Výsledek je plánovaným výstupem TA ČR TA01010342 s počátkem řešení od 1.1.2011 - 31.12.2014. Kontaktní osoba ZČU: Daniel GEORGIEV, PhD., Západočeská univerzita v Plzni, Nové technologie pro informační společnost, Univerzitní 22, 306 14 Plzeň (georgiev@kky.zcu.cz). 2014-003

Economical parameters

Metodika je plánovaným výstupem projektu TA01010342, jehož ekonomický přínos je definován jako relevantní podíl přínosů projektu. Výsledek umožní zvýšení objemu a zisku v aplikovaném výzkumu a zvýší přesnost a správnost údajů nutných při výběru vhodnéhodárce krvetvorných buněk, čímž dojde k urychlení a zpřesnění výběru dárců v rámci transplantačního procesu.

Certification body designation

WMDA (World Marrow Donors Association), Plesmanlaan 1b, 6th floor 2333 BZ Leiden, The Netherlands

Date of certification

—

Method of use

B - Výsledek je využíván orgány státní nebo veřejné správy