Rapid subtyping of tick-borne encephalitis virus isolates using multiplex RT-PCR
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F07%3A00087201" target="_blank" >RIV/60077344:_____/07:00087201 - isvavai.cz</a>
Alternative codes found
RIV/60076658:12310/07:00008016
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Rapid subtyping of tick-borne encephalitis virus isolates using multiplex RT-PCR
Original language description
Tick-borne encephalitis virus, an emerging pathogen in several countries in Europe and Asia, has been divided into three subtypes (European, Siberian and Far Eastern). These subtypes are associated with different severities of the disease. For that reason, early determination of the subtype in a clinical sample or in ticks removed from a patient in areas of co-circulation of two or three subtypes is of high importance. The development of a simple method of multiplex RT-PCR for rapid and easy subtyping of tick-borne encephalitis virus isolates is reported to fill this requirement. The method is based on the unique combination of oligonucleotide primers hybridizing with subtype-specific signature positions of the sequence encoding the viral envelope protein. The developed multiplex RT-PCR also appears to be a useful method in studies focused on the molecular-epidemiology of tick-borne encephalitis virus.
Czech name
Subtypová charakterizace izolátů viru klíšťové encefalitidy metodou multiplexové RT-PCR
Czech description
Virus klíšťové encefalitidy, ?emerging? patogen v řadě evropských a asijských zemí, je taxonomicky členěn na tři subtypy (evropský, sibiřský a dálněvýchodní). Zástupci jednotlivých subtypů způsobují onemocnění o různé závažnosti. Z toho důvodu je včasnéurčení subtypu v klinickém vzorku nebo v klíštěti vyjmutém z pacienta velmi významné. Zde prezentujeme metodu multiplex RT-PCR pro rychlou a jednoduchou subtypizaci izolátů viru klíšťové encefalitidy. Metoda je založena na unikátní kombinaci oligonukleotidových primerů, které hybridizují se pro subtyp konzervovanými sekvencemi virového obalového proteinu. Multiplexová RT-PCR najde své uplatnění také v molekulárně-epidemiologických studiích viru klíšťové encefalitidy.
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
EE - Microbiology, virology
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2007
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Journal of Virological Methods
ISSN
0166-0934
e-ISSN
—
Volume of the periodical
144
Issue of the periodical within the volume
1/2
Country of publishing house
NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS
Number of pages
5
Pages from-to
133-137
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—