Tick-borne encephalitis virus-specific RT-PCR - a rapid test for detection of the pathogen without viral RNA purification

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077409%3A_____%2F04%3A00104468" target="_blank" >RIV/60077409:_____/04:00104468 - isvavai.cz</a>

Alternative codes found

RIV/60076658:12310/04:00008659

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Tick-borne encephalitis virus-specific RT-PCR - a rapid test for detection of the pathogen without viral RNA purification

Original language description

Among diseases transmitted by ticks in the Czech Republic, tick-borne encephalitis (TBE) caused by Tick-borne encephalitis virus (TBEV) and Lyme disease caused by Borrelia burgdorferi spirochete are most important. We propose an effective and specific test for detection of TBEV in a single tick or a pool of ticks based on the detection of TBEV RNA using an RT-PCR technique without RNA purification. The method is very sensitive with the detection limit of about 14 fg TBEV RNA in total RNA obtained from brain suspension from suckling mice infected with TBEV per reaction. The primers were derived from the 5'-terminal non-coding region, a highly conserved part of the virus. The method was successfully applied to field-collected ticks in detecting TBEV RNA.This method can be used in studies of several aspects of TBEV: epidemiology, screening of natural foci, circulation and detection of virus genome sequences in clinical materials

Czech name

Specifická metoda RT-PCR pro virus klíšťové encefalitidy: rychlý test pro detekci patogena bez purifikace virové RNA

Czech description

Klíšťová encefalitida působená virem klíšťové encefalitidy (KE) a lymeská borelióza působená spirochétami patří v ČR mezi nejdůležitější nemoci přenášené klíšťaty. Předkládáme efektivní a specifický test pro detekci viru KE v jednotlivých klíšťatech nebove skupině klíšťat založený na průkazu KE-virově specifické RNA s použitím techniky RT-PCR bez potřeby purifikovat RNA. Metoda je vysoce citlivá, s detekčním limitem okolo 14 fg KE-virové RNA v celkové RNA získané z mozkové suspenze z novorozených myšekinfikovaných virem KE. Primery byly odvozeny z 5´-nekódující oblasti virového genomu, která je vysoce konzervativní. Metoda byly úspěšně použita k identifikaci viru KE v klíšťatech z terénních sběrů. Metoda může být použita při studiu různých aspektů KE/viru KE: epidemilogie, mapování přírodních ohnisek nákazy KE, cirkulace a detekci KE-virově specifických sekvencí v klinických vzorcích

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

GJ - Diseases and animal vermin, veterinary medicine

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GA524%2F03%2F1326" target="_blank" >GA524/03/1326: Molecular typing and genetic characterization of Lyme borreliosis spirochetes.</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Acta Virologica

ISSN

0001-723X

e-ISSN

—

Volume of the periodical

48

Issue of the periodical within the volume

3

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

5

Pages from-to

167-171

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—