Sampling of free genetic information (eDNA) from water.

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F21%3A00552714" target="_blank" >RIV/60077344:_____/21:00552714 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Vzorkování volné genetické informace (eDNA) z vody.

Original language description

Analýza eDNA umožnuje pouhým odběrem vody detekci určitého rybího druhu (barkóding) či celého rybího společenstva (metabarkóding). Využití eDNA je zcela neinvazivní a vysoce citlivé s vysokým potenciálem aplikace nejen pro vědecké účely, ale i standardní monitoring vodních útvarů. V roce 2018 proběhly první experimenty zaměřené na vzorkování a zpracování eDNA ze tří přehradních nádrží a jejich přítoků. Tyto postupy byly v následujících letech (2019–2020) optimalizovány v podmínkách nejen přehradních nádrží, ale i rybnících, přirozeného jezera a toků. Testovány byly odběry během letní a podzimní sezóny, stratifikovaný a pravidelný design odběru z různých prostředí vodních útvarů. Z laboratorního zpracování bylo testováno zpracování jednotlivých vzorků a vzorků vzniklých smísením části jednotlivých vzorků. Vzorky byly filtrovány na otevřených filtrech uložených do alkoholu nebo zamraženy. K extrakci DNA byla využita metoda univerzálního modulárního postupu a při přípravě genetických knihoven pak dvoufázová polymerázová řetězová reakce (PCR). Sekvenace knihoven byla provedena na přístroji Illumina MiSeq a získané sekvence následně bioinformaticky a statisticky zpracovány.

Czech name

Vzorkování volné genetické informace (eDNA) z vody.

Czech description

Analýza eDNA umožnuje pouhým odběrem vody detekci určitého rybího druhu (barkóding) či celého rybího společenstva (metabarkóding). Využití eDNA je zcela neinvazivní a vysoce citlivé s vysokým potenciálem aplikace nejen pro vědecké účely, ale i standardní monitoring vodních útvarů. V roce 2018 proběhly první experimenty zaměřené na vzorkování a zpracování eDNA ze tří přehradních nádrží a jejich přítoků. Tyto postupy byly v následujících letech (2019–2020) optimalizovány v podmínkách nejen přehradních nádrží, ale i rybnících, přirozeného jezera a toků. Testovány byly odběry během letní a podzimní sezóny, stratifikovaný a pravidelný design odběru z různých prostředí vodních útvarů. Z laboratorního zpracování bylo testováno zpracování jednotlivých vzorků a vzorků vzniklých smísením části jednotlivých vzorků. Vzorky byly filtrovány na otevřených filtrech uložených do alkoholu nebo zamraženy. K extrakci DNA byla využita metoda univerzálního modulárního postupu a při přípravě genetických knihoven pak dvoufázová polymerázová řetězová reakce (PCR). Sekvenace knihoven byla provedena na přístroji Illumina MiSeq a získané sekvence následně bioinformaticky a statisticky zpracovány.

Type

Z_tech - Verified technology

CEP classification

—

OECD FORD branch

10618 - Ecology

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2021

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

QK1920011-V16

Numerical identification

Číslo smlouvy Poskytovatele technologie QK1920011V011 Číslo smlouvy Uživatele technologie PVL-2316/2021/SML

Technical parameters

Subjekt: Povodí Vltavy, státní podnik Holečkova 3178/8 Praha 5 150 00 IČO: 70889953 Datum uzavření smlouvy: V Praze dne 10. listopadu 2021

Economical parameters

Vyčíslení nákladů na zpracování vzorků závisí především na vybavenosti pracoviště. Vzhledem k vysoké citlivosti metody je nezbytné vyčlenit zvláštní místnosti pro jednotlivé kroky zpracování. Jednotlivé laboratoře musí být odděleny, čímž vzniká potřeba vybavení každé z nich. Na druhou stranu jsou používané přístroje běžným vybavením a jejich jednorázová pořizovací cena je v řádu tisíců až desetitisíců korun. Nejnákladnějším zařízením je sekvenátor, který většinou vlastní pouze specializované laboratoře, častěji je sekvenace objednávána formou služby. Rovněž bioinformatické zpracování vyžaduje výkonnou výpočetní techniku, což je ale stále dostupnější položka. Cena za zpracovaný vzorek se pohybuje od stokorun do jednotek tisíců. Vysoká citlivost této technologie odhalila přítomnost i velmi vzácných druhů ve studovaných vodních útvarech. Jejím začlenění do odlovného schématu dojde ke snížení lovného úsilí u tradičních technologií a tím i poklesu celkových nákladů na ichtyologické průzkumy.

Application category by cost

—

Owner IČO

60077344

Owner name

Biologické centrum AV ČR, v. v. i.

Owner country

CZ - CZECH REPUBLIC

Usage type

P - Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence

Licence fee requirement

N - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek

Web page

—