Application of ARDRA and PLFA analysis in characterizing the bacterial communities of the food, gut and excrement of saprophagous larvae of Penthetria holosericea (Diptera: Bibionidae): a pilot study

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077379%3A_____%2F04%3A00105405" target="_blank" >RIV/60077379:_____/04:00105405 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Application of ARDRA and PLFA analysis in characterizing the bacterial communities of the food, gut and excrement of saprophagous larvae of Penthetria holosericea (Diptera: Bibionidae): a pilot study

Original language description

Amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) was used to compare the bacterial communities of the food, the gut sections (ceca, anterior and posterior midgut, hindgut) and the excrement of the litter feeding bibionid larvae of Penthetria holosericea. For universal eubacterial primers ARDRA patterms were complex with only minor differences among samples. Taxon specific primers were also applied to characterize the samples. Fragment composition was transformed to presence/absence binary data and further analyzed. Cluster analysis revealed that bacterial communities of gut highly resembled each other with the exception of the ceca. ARDRA patterns of consumed leaves clustered together with the intact leaves but differed from those of the excrement.ARDRA results were compared with microbial community structure based on phospholipid fatty acid (PLFA) fingerprints. The cluster analysis of PLFA (presence/absence binary) data resulted in a pattern similar to the ARDRA data. The PCA ...

Czech name

Použití analýzy ARDRA a PLFA pro charakterizaci bakteriálního společenstva potravy, střeva a exkrementů saprofágní larvy Penthetria holosericea (Diptera: Bibionidae): pilotní studie

Czech description

Restrikční analýza amplifikované ribosomální DNA (ARDRA) byla použita pro kvalitativní srovnání bakteriálního společenstva potravy, oddílů střeva a exkrementů saprofágní larvy Penthetria holosericea. Při použití univerzálních eubakteriálních primerů bylzískán komplexní ARDRA profil s minimálními rozdíly mezi vzorky. Dále byly použity primery specifické pro taxony. Zastoupení fragmentů DNA bylo transformováno do podoby binárních dat (přítomnost/absence fragmentu) a porovnáno klastrovou analýzou. Bakteriální společenstva analyzovaných úseků střeva vykazovala silnou podobnost s výjimkou slepého oddílu (caecum). Konsumovaný i intaktní opad měl shodný ARDRA profil lišící se od profilu exkrementů. Analýza fosfolipidických mastných kyselin (PLFA) rozdělila bakteriální společenstva analyzovaných vzorků na základě podobnosti PLFA profilů do pěti skupin: (1) přední a zadní část středního úseku střeva, (2) zadní úsek střeva, (3) caecum, (4) konsumovaný a intaktní opad, (5) exkrementy. Obě me...

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EH - Ecology - communities

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Folia Microbiologica

ISSN

0015-5632

e-ISSN

—

Volume of the periodical

49

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

11

Pages from-to

83-93

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—