Methodology of Potato spindle tuber viroid (PSTVd) detection in potato and ornamental plants using Real-Time RT-PCR and Luminex technology.

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60109807%3A_____%2F18%3AN0000044" target="_blank" >RIV/60109807:_____/18:N0000044 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Metodika detekce PSTVd (Potato spindle tuber viroid) v bramboru a okrasných rostlinách pomocí Real-Time RT-PCR a technologie Luminex.

Original language description

Cílem metodiky bylo vybrat a ve vlastních pokusech validovat a optimalizovat exaktní laboratorní metody detekce a determinace viroidu vřetenovitosti hlíz bramboru (Potato spindle tuber viroid – PSTVd) ve vybraných okrasných rostlinách (Solanum jasminoides, S. muricatum, Brugmansia spp.) a bramboru (Solanum tuberosum). Použité inovované molekulárně-biologické metody, tj. real-time RT-PCR (SYBR Green, TaqMan) a technologie Luminex-xTAG, zvýšily citlivost a specifičnost detekce a determinace PSTVd a zajistily vyšší spolehlivost výsledků. Metoda Luminex-xTAG představuje novou metodu vhodnou pro detekci patogenů na molekulární úrovni s citlivostí srovnatelnou s real-time RT-PCR. Protokoly byly optimalizovány pro použití v běžné diagnostické laboratoři vybavené zařízením pro molekulární biologii. Klíčová slova: Viroidy, Pospiviroid, validace, determinace, laboratorní metody.

Czech name

Metodika detekce PSTVd (Potato spindle tuber viroid) v bramboru a okrasných rostlinách pomocí Real-Time RT-PCR a technologie Luminex.

Czech description

Cílem metodiky bylo vybrat a ve vlastních pokusech validovat a optimalizovat exaktní laboratorní metody detekce a determinace viroidu vřetenovitosti hlíz bramboru (Potato spindle tuber viroid – PSTVd) ve vybraných okrasných rostlinách (Solanum jasminoides, S. muricatum, Brugmansia spp.) a bramboru (Solanum tuberosum). Použité inovované molekulárně-biologické metody, tj. real-time RT-PCR (SYBR Green, TaqMan) a technologie Luminex-xTAG, zvýšily citlivost a specifičnost detekce a determinace PSTVd a zajistily vyšší spolehlivost výsledků. Metoda Luminex-xTAG představuje novou metodu vhodnou pro detekci patogenů na molekulární úrovni s citlivostí srovnatelnou s real-time RT-PCR. Protokoly byly optimalizovány pro použití v běžné diagnostické laboratoři vybavené zařízením pro molekulární biologii. Klíčová slova: Viroidy, Pospiviroid, validace, determinace, laboratorní metody.

Type

N_metS - Methodology approved by the given body of the state whose it is competency

CEP classification

—

OECD FORD branch

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2018

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Internal product ID

ISBN: 978-80-86940-79-3.

Regulation ID

155885/2018

Technical parameters

Certifikovaná metodika je určená pro pracoviště, která se zabývají převážně diagnostikou patogenů rostlin, především pro akreditované diagnostické laboratoře státní správy (Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský), výzkumné ústavy, šlechtitelské organizace a zemědělskou praxi (pěstitelé brambor, zeleniny a okrasných rostlin). Podrobné laboratorní protokoly uvedené v metodice mohou být využity i studenty vysokých škol při výuce fytopatologických předmětů zaměřených na diagnostické metody patogenů. V metodice jsou uvedeny podrobné optimalizované pracovní protokoly umožňující rutinní detekci PSTVd v okrasných rostlinách a bramboru pomocí exaktních metod na molekulární úrovni. Metody Real-Time PCR (TaqMan, Sybr Green) a Luminex xTAG jsou v současnosti nejperspektivnější a to jak z hlediska jejich citlivosti a specifičnosti detekce, tak jsou zárukou lepší eliminace nežádoucích technických chyb. Pro zachování těchto předností se u molekulárních diagnostických metod jeví jako nezbytné izolovat purifikovanou RNA. Současně však existuje možnost výhodné aplikace systému duplex (nezbytná indikace kvality purifikace RNA pomocí interní kontroly) a využití vysoké citlivosti detekce pro hodnocení rozsáhlejších směsných vzorků. S ohledem na tyto přednosti lze, zejména v kontrolní praxi, předpokládat širší uplatnění molekulárních diagnostických metod.

Economical parameters

Pro diagnózu je nezbytné pořízení speciálního přístrojového vybavení jako je termocykler pro Real-Time RT-PCR (400–900 tis. Kč) a systém na vyhodnocení pro Luminex xTAG (1.200 000 Kč). Ceny jsou kalkulovány na základě nejlevnější nabídky spotřebního materiálu, nezahrnují režie a jsou bez DPH. Metoda real-time RT-PCR (zejména postup Sybr Green) je v porovnání s metodou Luminex xTAG v současnosti levnější a zejména jednodušší a rychlejší. Ekonomický přínos certifikované metodiky spolehlivé diagnostiky PSTVd zhodnotí až uživatelé, což jsou převážně šlechtitelské organizace, pěstitelé a množitelé brambor i pěstitelé zeleniny a okrasných rostlin.

Certification body designation

ÚKZÚZ

Date of certification

—

Method of use

C - Výsledek je využíván bez omezení okruhu uživatelů