Applications of MALDI-TOF MS in food microbiology
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F19%3A43919655" target="_blank" >RIV/60461373:22330/19:43919655 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Možnosti využití MALDI-TOF MS v potravinářské mikrobiologii
Original language description
Hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF má velmi významné místo v mikrobiologické praxi jako rychlá a spolehlivá metody pro fenotypovou identifikaci mikroorganismů. Tato identifikace vychází z analýzy proteinových profilů mikroorganismů (pro identifikaci se využívají hlavně proteiny o velikosti 2-20 kDa), který je složen převážně z ribozomálních proteinů a dalších konzervovaných proteinů základních metabolických drah. Tento profil je obecně rodově a druhově specifický; pro některé druhové skupiny mikroorganismů, geneticky příliš blízké, však může být tato specifita nedostačující pro spolehlivou identifikaci. Zároveň však lze v některých případech nalézt markery specifické i pro další taxonomické skupiny (soubory kmenů s určitou fenotypovou vlastností či jednotlivé kmeny). Cílem této práce byla analýza jednotlivých faktorů ovlivňujících použití MALDI-TOF MS pro identifikaci a charakterizaci mikroorganismů izolovaných z potravin a pro průkaz a stanovení počtu cílových mikroorganismů v potravinách. Identifikace více než 1000 izolátů mikroorganismů z potravin metodou MALDI-TOF MS (systém Biotyper, Bruker Daltonics) umožnila stanovit rozsah aplikovatelnosti použitých metod (způsob přípravy vzorku, použité metody vyhodnocení), jejich spolehlivost (i při srovnání s dalšími identifikačními metodami) a možné problematické aspekty pro jednotlivé skupiny mikroorganismů, významné v potravinářské mikrobiologii. Pro zvýšení spolehlivosti identifikace izolátů druhové skupiny Enterobacter cloacae komplex a jejich typizaci byly navrženy a ověřeny metody založené na tvorbě modelů na základě shlukové analýzy a analýze hlavních komponent (ClinPro Tools, Bruker Daltonics). Tyto metody byly poté využity i pro návrh a ověření postupů pro využití MALDI-TOF MS ke zrychlení průkazu a/nebo stanovení počtu Salmonella spp., Escherichia coli a Staphylococcus aureus ve vybraných potravinách (kuřecí maso, mléko).
Czech name
Možnosti využití MALDI-TOF MS v potravinářské mikrobiologii
Czech description
Hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF má velmi významné místo v mikrobiologické praxi jako rychlá a spolehlivá metody pro fenotypovou identifikaci mikroorganismů. Tato identifikace vychází z analýzy proteinových profilů mikroorganismů (pro identifikaci se využívají hlavně proteiny o velikosti 2-20 kDa), který je složen převážně z ribozomálních proteinů a dalších konzervovaných proteinů základních metabolických drah. Tento profil je obecně rodově a druhově specifický; pro některé druhové skupiny mikroorganismů, geneticky příliš blízké, však může být tato specifita nedostačující pro spolehlivou identifikaci. Zároveň však lze v některých případech nalézt markery specifické i pro další taxonomické skupiny (soubory kmenů s určitou fenotypovou vlastností či jednotlivé kmeny). Cílem této práce byla analýza jednotlivých faktorů ovlivňujících použití MALDI-TOF MS pro identifikaci a charakterizaci mikroorganismů izolovaných z potravin a pro průkaz a stanovení počtu cílových mikroorganismů v potravinách. Identifikace více než 1000 izolátů mikroorganismů z potravin metodou MALDI-TOF MS (systém Biotyper, Bruker Daltonics) umožnila stanovit rozsah aplikovatelnosti použitých metod (způsob přípravy vzorku, použité metody vyhodnocení), jejich spolehlivost (i při srovnání s dalšími identifikačními metodami) a možné problematické aspekty pro jednotlivé skupiny mikroorganismů, významné v potravinářské mikrobiologii. Pro zvýšení spolehlivosti identifikace izolátů druhové skupiny Enterobacter cloacae komplex a jejich typizaci byly navrženy a ověřeny metody založené na tvorbě modelů na základě shlukové analýzy a analýze hlavních komponent (ClinPro Tools, Bruker Daltonics). Tyto metody byly poté využity i pro návrh a ověření postupů pro využití MALDI-TOF MS ke zrychlení průkazu a/nebo stanovení počtu Salmonella spp., Escherichia coli a Staphylococcus aureus ve vybraných potravinách (kuřecí maso, mléko).
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
—
OECD FORD branch
10606 - Microbiology
Result continuities
Project
<a href="/en/project/QJ1210300" target="_blank" >QJ1210300: Protection systems of quality and safety of dairy products by means of suitable methods applicable in practice</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2019
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů