Exceptional Thermodynamic Stability of DNA Duplexes Modified by Nonpolar Base Analogues Is due to Increased Stacking Interactions and Favorable Solvation: Correlated Ab Initio Calculations and Molecular Dynamics Simulations
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F06%3A00040282" target="_blank" >RIV/61388963:_____/06:00040282 - isvavai.cz</a>
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Exceptional Thermodynamic Stability of DNA Duplexes Modified by Nonpolar Base Analogues Is due to Increased Stacking Interactions and Favorable Solvation: Correlated Ab Initio Calculations and Molecular Dynamics Simulations
Original language description
The geometries of DNA hexamer (5?-GGAACC-3?) and DNA 13-mer (5?-GCGTACACATGCG-3?) have been determined by molecular dynamics (MD) simulations using an empirical force field. The central canonical base pair was replaced by a pair of nonpolar base analogues, 2,2?-bipyridyl and 3-methylisocarbostyril. The total stabilization energies of the unperturbed system and the system perturbed by a base-analogue pair were comparable to the stability of both duplexes experimentally determined. This is due to large stacking interaction energy of the base-analogue self-pair which compensates for the missing hydrogen-bonding energy of the replaced adenine...thymine base pair.
Czech name
Mimořádná termodynamická stabilita DNA duplexů modifikovaných nepolárními analogy je způsobena zvýšeným stackingem a příznivou solvatací: korelované ab initio výpočty a molekulová dynamika
Czech description
Geometrie hexamerů DNA (5?-GGAACC-3?) a 13-merů (5?-GCGTACACATGCG-3?) byla určena pomocí molekulové dynamiky založené na empirických potenciálech. Centrální pár kanonických bazí byl nahrazen párem nepolárních analogů. Celková stabilizační energie neporušeného a porušeného systému byla srovnatelná s experimentálně určenou stabilitou obou duplexů. Je to způsobeno velkým stackingem párů analogů, který kompenzuje chybějící energii vodíkových vazeb nahraženého páru adenin-thymin.
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2006
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Chemistry - A European Journal
ISSN
0947-6539
e-ISSN
—
Volume of the periodical
12
Issue of the periodical within the volume
13
Country of publishing house
DE - GERMANY
Number of pages
8
Pages from-to
3587-3595
UT code for WoS article
—
EID of the result in the Scopus database
—