Building of RNA and DNA double helices into electron density
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F08%3A00316074" target="_blank" >RIV/61388963:_____/08:00316074 - isvavai.cz</a>
Alternative codes found
RIV/62157124:16370/08:00001983
Result on the web
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
angličtina
Original language name
Building of RNA and DNA double helices into electron density
Original language description
A method has been developed that automatically fits doublehelical regions into the electron density of nucleic acid structures. Rigid fragments consisting of two Watson?Crick base pairs and three pairs of phosphate groups in the A-type or B-type conformation are positioned into the electron density by phased rotation and translation functions. The position and orientation of the localized double-helical fragments are determined by phased refinement. The method has been tested by building double-helicalregions of nine RNA structures of variable crystallographic resolution and polynucleotide length and is available for free use.
Czech name
Modelování dvoušroubovic RNA a DNA do elektronové hustoty
Czech description
Byla vyvinuta metoda automatického fitování dvoušrobovicových úseků RNA a DNA molekul do elektronových hustot. Konformačně tuhé fragmenty sestávající ze dvou párů ve Watson-Crickově uspořádání a tří párů fosfátových skupin v konformaci typu A nebo B jsouumístěny do elektronové hustoty fázovými rotačními a translačními funkcemi. Poloha a orientace umístěného fragmentu jsou dale upřesněny. Metoda byla testována modelováním dvoušrobovicových úseků devíti krystalových struktur RNA s různým krystalografickým rozlišením a délkou řetězce. Příslušný program je volně k disposici pro vědecké využití.
Classification
Type
J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)
CEP classification
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Others
Publication year
2008
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Name of the periodical
Acta Crystallographica Section D-Biological Crystallography
ISSN
0907-4449
e-ISSN
—
Volume of the periodical
64
Issue of the periodical within the volume
6
Country of publishing house
DK - DENMARK
Number of pages
7
Pages from-to
—
UT code for WoS article
000255870800002
EID of the result in the Scopus database
—