Alternative primer sets for PCR detection of genotypes involved in bacterial aerobic BTEX degradation: Distribution of the genes in BTEX degrading isolates and in subsurface soils of a BTEX contaminated industrial site

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F06%3A00039420" target="_blank" >RIV/61388971:_____/06:00039420 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Alternative primer sets for PCR detection of genotypes involved in bacterial aerobic BTEX degradation: Distribution of the genes in BTEX degrading isolates and in subsurface soils of a BTEX contaminated industrial site

Original language description

Eight new primer sets were designed for PCR detection of (i) mono-oxygenase and dioxygenase gene sequences involved in initial attack of bacterial aerobic BTEX degradation and of (ii) catechol 2,3-dioxygenase gene sequences responsible for metacleavage of the aromatic ring. The new primer sets allowed detection of the corresponding genotypes in soil with a detection limit of 103?104 or 105?106 gene copies per 1 g soil, assuming one copy of the gene per cell. The primer sets were used in PCR to assess the distribution of the catabolic genes in BTEX degrading bacterial strains and DNA extracts from soils

Czech name

Alternativní soubor oligonukleotidů pro PCR-detekci genotypů účastnících se bakteriální aerobní degradace BTEX: Distribuce genů v izolátech degradujících BTEX a v podpovrchových půdách v průmyslovém místě kontaminovaném BTEX

Czech description

Bylo navrženo osm nových souborů oligonukleotidů pro PCR-detekci (i) sekvencí genů pro monooxygenasy a dioxygenasy účastnící se počátečních reakcí bakteriální aerobní degradace BTEX a (ii) sekvencí genů pro katechol -2,3-dioxygenasy zodpovědných za štěpení aromatického kruhu v meta-poloze. Nový soubor oligonukleotidů umožňuje detekci příslušných genotypů v půdě s limitem 103-104 nebo 105-106 kopií genu na 1 g půdy za předpokladu jedné kopie genu v buňce. Soubory oligonukleotidů byly použity při PCR prostanovení distribuce katabolických genů v bakteriálních kmenech degradujících BTEX a v extraktech DNA z půdy

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Journal of Microbiological Methods

ISSN

0167-7012

e-ISSN

—

Volume of the periodical

64

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS

Number of pages

16

Pages from-to

250-265

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—