Specific regions of genome plasticity and genetic diversity of the commensal Escherichia coli A0 34/86

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F06%3A00044187" target="_blank" >RIV/61388971:_____/06:00044187 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Specific regions of genome plasticity and genetic diversity of the commensal Escherichia coli A0 34/86

Original language description

Escherichia coli A0 34/86 (O83.K24.H31) is a commensal strain that has been used for prophylactic and therapeutic colonization of the intestine of newborn infants. To identify traits specific for E. coli A0 34/86, we used a minimal tiling set of 148 BACclones of A0 34/86 genomic DNA, to construct restriction-digested BAC arrays. Hybridization with genomic DNA from four E. coli strains (CFT073, O157.H7, K12 and Nissle 1917) allowed selection of two BAC clones that were sequenced to identify A0 34/86-specific regions. Genes for the yersiniabactin siderophore system, several proteins homologous to Salmonella enterica serovar Typhimurium vitamin B12 synthesis proteins, as well as genes necessary for the degradation of propanediol, the pix fimbriae determinant and genes coding for a putative phosphoglycerate transport system present also on pathogenicity island V of E. coli strain 536 were all identified in E. coli A0 34/86

Czech name

Specifické oblasti genomové plasticity a genetická diverzita komenzálního kmene Escherichia coli A0 34/86

Czech description

Escherichia coli A0 34/86 (O83.K24.H31) je komenzální kmen používaný k profylaktické a terapeutické kolonizaci novorozenců. K získání specifických vlastností E. coli A0 34/86 jsme zkonstruovali BAC arrays knihovnu za použití 148 BAC klonů A0 34/86 genomové DNA. Hybridizace BAC arrays s genomovou DNA čtyř kmenů E. coli (CFT073, O157.H7, K12 a Nissle 1917) umožnila selekci dvou BAC klonů, které byly sekvenovány. E. coli A0 34/86 obsahuje geny pro yersiniabactin siderophore systém, geny homologní ke genůmpro syntézu vitamínu B12 u Salmonella enterica sérovar Typhimurium, geny nezbytné pro degradaci propanediolu, geny pro pix fimbrie a geny k?dující transport fosfoglycerátu. Tato komparativní analýza podtrhuje také důležitou genomovou heterogenitu mezi kmeny E. coli

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EE - Microbiology, virology

OECD FORD branch

—

Project

—

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

International Journal of Medical Microbiology

ISSN

1438-4221

e-ISSN

—

Volume of the periodical

296

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

DE - GERMANY

Number of pages

6

Pages from-to

541-546

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—