Comparison of four nuclear isolation buffers for plant DNA flow cytometry

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F06%3A00082150" target="_blank" >RIV/61389030:_____/06:00082150 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Comparison of four nuclear isolation buffers for plant DNA flow cytometry

Original language description

DNA flow cytometry requires preparation of suspensions of intact nuclei, which are stained using a DNA-specific fluorochrome prior to analysis. Various buffer formulas were developed to preserve nuclear integrity, protect DNA from degradation and facilitate its stoichiometric staining. Although nuclear isolation buffers differ considerably in chemical composition, no systematic comparison of their performance has been made until now. This knowledge is required to select the appropriate buffer for a given species and tissue. - Methods Four common lysis buffers (Galbraith?s, LB01, Otto?s and Tris.MgCl2) were used to prepare samples from leaf tissues of seven plant species (Sedum burrito, Oxalis pes-caprae, Lycopersicon esculentum, Celtis australis, Pisumsativum, Festuca rothmaleri and Vicia faba). The species were selected to cover a wide range of genome sizes (1.30?26.90 pg per 2C DNA) and a variety of leaf tissue types. The following parameters were assessed: forward (FS) and side (SS

Czech name

Srovnání čtyř pufrů používaných při izolaci jader pro průtokovou cytometrii u rostlin

Czech description

Průtoková cytometrie vyžaduje přípravu suspenzí jader, které jsou před analýzou barveny DNA-specifickým fluorochromem. K uchování jader byly vyvinuty různé pufry, zabraňující degradaci DNA a ulehčující jejich stechiometrické barvení. Ačkoli se pufry v chemickém složení značně liší, jejich účinek nebyl dosud nikdy systematicky porovnán. Tato znalost je potřebná k výběru vhodného pufru pro dané druhy a tkáně. K přípravě vzorků z listových tkání sedmi rostlinných druhů (Sedum burrito, Oxalis pes-caprae, Lycopersicon esculentum, Celtis australis, Pisum sativum, Festuca rothmaleri a Vicia faba) byly použity čtyři běžné lyzovací pufry (Galbraith, LB01, Otto a Tris.MgCl2). Druhy byly vybrány tak, aby se pokryly různé velikosti genomu (1.30?26.90 pg / 2C DNA)a rozmanitost listových tkání. Byly hodnoceny následující parametry: přímý (FS) a boční (SS) rozptyl světla, fluorescence jader barvených PI, variační koeficient píků DNA, přítomnost pozadí a počet jader ve vzorku. Experimenty byly nezávi

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/LC06004" target="_blank" >LC06004: Integration of research activities to study the plant genome</a><br>

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Annals of Botany

ISSN

0305-7364

e-ISSN

—

Volume of the periodical

98

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

11

Pages from-to

679-689

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—