A novel resource for genomics of Triticeae: BAC library specific for the short arm of rye (Secale cereale L.) chromosome 1R (1RS)

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F08%3A00320014" target="_blank" >RIV/61389030:_____/08:00320014 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

A novel resource for genomics of Triticeae: BAC library specific for the short arm of rye (Secale cereale L.) chromosome 1R (1RS)

Original language description

Background: Genomics of rye (Secale cereale L.) is impeded by its large nuclear genome (1C7,900 Mbp) with prevalence of DNA repeats (> 90%). An attractive possibility is to dissect the genome to small parts after flow sorting particular chromosomes and chromosome arms. To test this approach, we have chosen 1RS chromosome arm, which represents only 5.6% of the total rye genome. The 1RS arm is an attractive target as it carries many important genes and because it became part of the wheat gene pool as the1BL.1RS translocation. Results: We demonstrate that it is possible to sort 1RS arm from wheat-rye ditelosomic addition line. Using this approach, we isolated over 10 million of 1RS arms using flow sorting and used their DNA to construct a 1RS-specific BAC library, which comprises 103,680 clones with average insert size of 73 kb. The library comprises two sublibraries constructed using HindIII and EcoRI and provides a deep coverage of about 14-fold of the 1RS arm (442 Mbp). We present pre

Czech name

Nový materiál pro genomiku Triticeae: BAC knihovna krátkého ramene chromozómu 1R (1RS) žita (Secale cereale L.)

Czech description

Analýza genomu žita setého (Secale cereale L.) je komplikována jeho velikostí (1C7,900 Mbp) a převahou repetitivní DNA (> 90%). Jednou z možností jak tuto analýzu zjednodušit, je rozdělit genom na menší části, jednotlivé chromozómy a jejich ramena. Pro ověření této možnosti jsme vybrali chromozómové rameno 1RS, které reprezentuje pouze 5.6% celkového genomu žita. Je atraktivní i proto, že nese mnoho důležitých genů a je rovněž součástí genomu mnoha odrůd pšenice, jako translokace 1BL.1RS. Dokázali jsme,že je možné třídit rameno 1RS z ditelosomických adičních linií pšenice-žito. Pomocí průtokové cytometrie jsme izolovali přes 10 milionů ramen 1RS a použili jejich DNA ke konstrukci 1RS-specifické BAC knihovny, která zahrnuje 103,680 klonů s průměrnou velikostí insertů 73kb. Knihovna se skládá ze dvou částí připravených klonováním do restrikčních míst HindIII a EcoRI a poskytuje výborné pokrytí (asi 14x) ramene 1RS (442 Mbp). V rámci této práce byly také získány předběžné výsledky při kl

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

B M C Genomics

ISSN

1471-2164

e-ISSN

—

Volume of the periodical

9

Issue of the periodical within the volume

237

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

9

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000256400500002

EID of the result in the Scopus database

—