A first survey of the rye (Secale cereale) genome composition through BAC end sequencing of the short arm of chromosome 1R

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F08%3A00323090" target="_blank" >RIV/61389030:_____/08:00323090 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

A first survey of the rye (Secale cereale) genome composition through BAC end sequencing of the short arm of chromosome 1R

Original language description

Background: Rye (Secale cereale L.) belongs to tribe Triticeae and is an important temperate cereal. It is one of the parents of man-made species Triticale and has been used as a source of agronomically important genes for wheat improvement. The short arm of rye chromosome 1 (1RS), in particular is rich in useful genes, and as it may increase yield, protein content and resistance to biotic and abiotic stress, it has been introgressed into wheat as the 1BL.1RS translocation. A better knowledge of the ryegenome could facilitate rye improvement and increase the efficiency of utilizing rye genes in wheat breeding. Results: Here, we report on BAC end sequencing of 1,536 clones from two 1RS-specific BAC libraries. We obtained 2,778 (90.4%) useful sequenceswith a cumulative length of 2,032,538 bp and an average read length of 732 bp. These sequences represent 0.5% of 1RS arm. The GC content of the sequenced fraction of 1RS is 45.9%, and at least 84% of the 1RS arm consists of repetitive DNA

Czech name

První náhled do genomu žita (Secale cereale) pomocí sekvenování konců BAC klonů z krátkého ramene chromozómu 1R

Czech description

Žito (Secale cereale L.) patří do čeledi Triticeae a je důležitou obilovinou. Je jedním z rodičů člověkem vytvořeného druhu Triticale a je používán jako zdroj agronomicky důležitých genů při šlechtění pšenice. Krátké rameno chromozómu 1 (1RS) žita je bohaté na užitečné geny a protože může zvýšit výnos, obsah proteinů a resistenci k biotickému a abiotickému stresu, bývá vnášeno do pšenice jako translokace 1BL.1RS. Lepší znalost genomu žita by mohla usnadnit jeho šlechtění a zvýšila by se schopnost využití genů žita ve šlechtění pšenice. V této práci byly sekvenovány konce 1,536 klonů ze dvou BAC knihoven specifických pro 1RS. Získali jsme 2 778 (90.4%) využitelných sekvencí se souhrnnou délkou 2 032 538bp a průměrnou délkou čtení 732bp. Tyto sekvence reprezentují 0,5% ramene 1RS. Obsah GC bází 1RS je 45.9% a nejméně 84% 1RS se skládá z repetitivní DNA. V sekvencích konců BAC klonů jsme identifikovali místa inzercí transpozónů a odvodili jsme ISBP (?insertion site based polymorphism?) ma

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

BMC Plant Biology

ISSN

1471-2229

e-ISSN

—

Volume of the periodical

8

Issue of the periodical within the volume

95

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

12

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000259916300001

EID of the result in the Scopus database

—