Development of microsatellite markers specific for the short arm of rye (Secale cereale L.) chromosome 1

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F08%3A00322579" target="_blank" >RIV/61389030:_____/08:00322579 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Development of microsatellite markers specific for the short arm of rye (Secale cereale L.) chromosome 1

Original language description

We developed 74 microsatellite marker primer pairs yielding 76 polymorphic loci, specific for the short arm of rye chromosome 1R (1RS) in wheat background. Four libraries enriched for microsatellite motifs AG, AAG, AC and AAC were constructed from DNA offlow-sorted 1RS chromosomes and 1,290 clones were sequenced. Additionally, 2,778 BAC-end-sequences from a 1RS specific BAC library were used for microsatellite screening and marker development. From 724 designed primer pairs, 119 produced 1RS specific bands and 74 of them showed polymorphism in a set of ten rye genotypes. We show that this high attrition rate was due to the highly repetitive nature of the rye geonome consisting of a large number of transposable elements. We mapped the 76 polymorphic loci physically into three regions (bins) on 1RS; 29, 30 and 17 loci were assigned to the distal, intercalary and proximal regions of the 1RS arm, respectively. The average polymorphism information content increases with distance from the c

Czech name

Vývoj mikrosatelitových markerů specifických pro chromozóm 1 krátkého ramene žita (Secale cereale L.)

Czech description

Vyvinuli jsme 74 mikrosatelitových markerů specifických pro krátké rameno chromozómu 1R (1RS) žita. Čtyři knihovny DNA obohacené o mikrosatelity AG, AAG, AC a AAC byly konstruovány z chromozómů 1RS a z nich bylo sekvenováno 1 290 klonů. Mimo to bylo proscreening mikrosatelitů a vývoj markerů použito 2 778 koncových sekvencí klonů z BAC knihovny specifické pro 1RS. Ze 724 navržených párů primerů dávalo 119 z nich produkty specifické pro 1RS a 74 z nich bylo polymorfních u deseti genotypů žita. Fyzicky jsme mapovali 76 polymorfních lokusů ve třech oblastech 1RS. Pozorovaná informativnost markerů stoupala se vzdáleností od centromery, což lze vysvětlit rostoucí frekvencí rekombinace podél chromozómu směrem k teloméře. Naše výsledky rovněž ukazují, že variabilita délky mikrosatelitů koreluje s jejich polymorfismem. Na základě těchto výsledků doporučujeme u druhů, u kterých je dostatek genomových sekvencí, analyzovat variabilitu délky mikrosatelitů před vlastním odvozováním mikrosatelitový

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2008

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Theoretical and Applied Genetics

ISSN

0040-5752

e-ISSN

—

Volume of the periodical

117

Issue of the periodical within the volume

6

Country of publishing house

DE - GERMANY

Number of pages

12

Pages from-to

—

UT code for WoS article

000259276700008

EID of the result in the Scopus database

—