Bioinformatics Software Pipeline for Analyzing of High Throughput Next Generation Sequencing Data
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989100%3A27740%2F14%3A86092567" target="_blank" >RIV/61989100:27740/14:86092567 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="http://dap.vsb.cz/rnaseq_pipeline/rna_pipeline_process.html" target="_blank" >http://dap.vsb.cz/rnaseq_pipeline/rna_pipeline_process.html</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Implementace vysoce paralelních algoritmů pro zpracování biomedicínských dat
Original language description
Knihovna a skripty pro zpracování RNA dat získaných v sekvenováním DNA pacienta. DNA získaná sekvenováním je rozdělena do mnoha malých části s mnohými opakováními a tento software je dokáže spojit a analyzovat.
Czech name
Implementace vysoce paralelních algoritmů pro zpracování biomedicínských dat
Czech description
Knihovna a skripty pro zpracování RNA dat získaných v sekvenováním DNA pacienta. DNA získaná sekvenováním je rozdělena do mnoha malých části s mnohými opakováními a tento software je dokáže spojit a analyzovat.
Classification
Type
R - Software
CEP classification
IN - Informatics
OECD FORD branch
—
Result continuities
Project
<a href="/en/project/ED1.1.00%2F02.0070" target="_blank" >ED1.1.00/02.0070: IT4Innovations Centre of Excellence</a><br>
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2014
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data specific for result type
Internal product ID
052/19-12-2014_SW
Technical parameters
Software je implementován v jazyce Perl na platformě Linux. Vyžaduje vysoký paralelní výkon a vysoké nasazení operační paměti RAM, jelikož se jedná o zpracování velmi rozsáhlých biologický dat z Next Generation Sequencing. Efektivních výsledků software dosahuje na systémech s více jádry nebo při použití clusteru počítačů.
Economical parameters
V oblasti exomového sekvenování existuje řada komerčního software, který je ovšem finančně velice náročný, řádově tísíce USD. Tento software využívá mimo jiné open-source knihovny a proto je v podstatě zdarma a plní stejné funkce jako software komerční.
Owner IČO
61989100
Owner name
Vysoká škola báňská - Technická univerzita Ostrava