All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

PSMB2 and RPL32 are suitable denominators to normalize gene expression profiles in bronchoalveolar cells

The result's identifiers

  • Result code in IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15110%2F08%3A00006147" target="_blank" >RIV/61989592:15110/08:00006147 - isvavai.cz</a>

  • Result on the web

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternative languages

  • Result language

    angličtina

  • Original language name

    PSMB2 and RPL32 are suitable denominators to normalize gene expression profiles in bronchoalveolar cells

  • Original language description

    Background: For accuracy of quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction (qRT-PCR), normalisation with suitable reference genes is required. To date, no reference genes have been validated for expression studies of bronchoalveolar (BAL) cells. The aims of this study were to identify gene(s) with stable mRNA expression in BAL cells irrespective of gender, smoking, BAL cellular composition, lung pathology, treatment; and to assess the influence of reference genes on target gene expressiondata. Results: The mRNA expression of ten housekeeping genes (ACTB, ARF1, CANX, G6PD, GAPDH, GPS1, GNB2L1, PSMB2, PSMD2, RPL32) was investigated by qRT-PCR in BAL cells from 71 subjects across a spectrum of lung diseases. The analyses were validated in an independent BAL cohort from 63 sarcoidosis patients and 17 control subjects. A second derivative method was used to calculate expression values (CTt); an equivalence test, applets BestKeeper, geNorm and NormFinder were applied to invest

  • Czech name

    PSMB2 a RPL32 jsou vhodné referenční geny k normalizaci genových expresních profilů u bronchoalveolárních buněk.

  • Czech description

    Cílem této studie bylo 1) identifikovat geny, jejichž exprese je konstantní v buňkách bronchoalveolární laváže a 2) ověřit vliv referenčních genů na expresní data sledovaných genů. mRNA exprese 10-ti housekeepingových genů (ACTB, ARF1, CANX, G6PD, GAPDH,GPS1, GNB2L1, PSMB2, PSMD2, RPL32) byla studována u souboru 71 jedinců s různými plicními nemocemi a data byla validována u 2. nezávislého souboru (63 pacientů se sarkoidózou a 17 kontrolních jedinců). Ke sledování stability exprese byl použit equivalenční test a statistické applety BestKeeper, geNorm a NormFinder. V obou testovaných souborech byly konstantně exprimovány geny PSMB2 (CTt ? SD, 23,66 ? 0,86) a RPL32 (18,65 ? 0,92). Vliv volby referenčního genu (nově validované PSMB2/RPL32 vs. tradiční ACTB/GAPDH) na výsledky expresních studií byla ukázána na příkladu dvou cytokinů asociovaných se sarkoidózou. Studie identifikovala geny PSMB2 a RPL32 jako vhodné referenční geny pro normalizaci kvantitativní RT-PCR v buňkách bronchoalveolá

Classification

  • Type

    J<sub>x</sub> - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

  • CEP classification

    EC - Immunology

  • OECD FORD branch

Result continuities

  • Project

    Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

  • Continuities

    Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Others

  • Publication year

    2008

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data specific for result type

  • Name of the periodical

    BMC Molecular Biology

  • ISSN

    1471-2199

  • e-ISSN

  • Volume of the periodical

    9

  • Issue of the periodical within the volume

    9

  • Country of publishing house

    GB - UNITED KINGDOM

  • Number of pages

    1

  • Pages from-to

  • UT code for WoS article

  • EID of the result in the Scopus database