FastGEN BCR: ABL1 somatic mutation detection kit

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15110%2F25%3A73636166" target="_blank" >RIV/61989592:15110/25:73636166 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Kit pro detekci somatických mutací fastGEN BCR:ABL1

Original language description

Kit fastGEN BCR::ABL1 slouží k rychlé přípravě sekvenační knihovny potřebné pro genotypizaci kinázové domény fúzního genu BCR::ABL1 pomocí sekvenování nové generace (NGS). Genotypizace pomocí kitu umožňuje analýzu mutací v kinázové doméně fúzního genu BCR::ABL1 (kodony 223–326, 340–402, 417–528). Vstupním materiálem pro přípravu sekvenační knihovny je cDNA obsahující fúzní gen BCR::ABL1. cDNA je připravena pomocí reverzní transkripce (RT). Reagencie pro RT nejsou součástí kitu, V prvním kroku dochází k preamplifikaci fúzního transkriptu pomocí major- nebo minor‑specifického mixu na základě předchozích informací o vzorku. Vzniklý produkt je následně krátce amplifikován s potřebným indexem pro rozlišení jednotlivých vzorků. V aktuální verzi kitu je možné paralelně sekvenovat až 16 vzorků s různými indexy. Kit vyžaduje sekvenaci na platformě kompatibilní se sekvenátory NGS na bázi Illumina. Kit umožňuje spolehlivou detekci variant s VAF 1–100 %. Ve validační studii zahrnující 26 vzorků jsme zaznamenali 96% shodu (25/26) mezi fastGEN BCR::ABL1 a rutinní metodou založenou na Sangerově sekvenování při detekci variant v kinázové doméně. Pouze jeden neshodný vzorek byl charakterizován hodnotou IS &lt; 0,05 % a dobou skladování RNA přesahující 15 let.

Czech name

Kit pro detekci somatických mutací fastGEN BCR:ABL1

Czech description

Kit fastGEN BCR::ABL1 slouží k rychlé přípravě sekvenační knihovny potřebné pro genotypizaci kinázové domény fúzního genu BCR::ABL1 pomocí sekvenování nové generace (NGS). Genotypizace pomocí kitu umožňuje analýzu mutací v kinázové doméně fúzního genu BCR::ABL1 (kodony 223–326, 340–402, 417–528). Vstupním materiálem pro přípravu sekvenační knihovny je cDNA obsahující fúzní gen BCR::ABL1. cDNA je připravena pomocí reverzní transkripce (RT). Reagencie pro RT nejsou součástí kitu, V prvním kroku dochází k preamplifikaci fúzního transkriptu pomocí major- nebo minor‑specifického mixu na základě předchozích informací o vzorku. Vzniklý produkt je následně krátce amplifikován s potřebným indexem pro rozlišení jednotlivých vzorků. V aktuální verzi kitu je možné paralelně sekvenovat až 16 vzorků s různými indexy. Kit vyžaduje sekvenaci na platformě kompatibilní se sekvenátory NGS na bázi Illumina. Kit umožňuje spolehlivou detekci variant s VAF 1–100 %. Ve validační studii zahrnující 26 vzorků jsme zaznamenali 96% shodu (25/26) mezi fastGEN BCR::ABL1 a rutinní metodou založenou na Sangerově sekvenování při detekci variant v kinázové doméně. Pouze jeden neshodný vzorek byl charakterizován hodnotou IS &lt; 0,05 % a dobou skladování RNA přesahující 15 let.

Type

G_funk - Functional sample

CEP classification

—

OECD FORD branch

10608 - Biochemistry and molecular biology

Project

<a href="/en/project/TN02000109" target="_blank" >TN02000109: Personalised Medicine: From Translational Research into Biomedical Applications</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2025

Confidentiality

C - Předmět řešení projektu podléhá obchodnímu tajemství (§ 504 Občanského zákoníku), ale název projektu, cíle projektu a u ukončeného nebo zastaveného projektu zhodnocení výsledku řešení projektu (údaje P03, P04, P15, P19, P29, PN8) dodané do CEP, jsou upraveny tak, aby byly zveřejnitelné.

Internal product ID

fast GEN BCR: ABL1 v2

Numerical identification

fastGEN BCR: ABL1

Technical parameters

Kit fastGEN BCR::ABL1 slouží k rychlé přípravě sekvenační knihovny pomocí PCR preamplifikace a amplifikace potřebné pro genotypizaci kinázové domény fúzního genu BCR::ABL1 pomocí sekvenování nové generace (NGS). Genotypizace pomocí kitu umožňuje analýzu mutací v kinázové doméně fúzního genu BCR::ABL1 (kodony 223–326, 340–402, 417–528). Vstupním materiálem pro přípravu sekvenační knihovny je cDNA obsahující fúzní gen BCR::ABL1. V aktuální verzi kitu je možné paralelně sekvenovat až 16 vzorků s různými indexy. Kit vyžaduje sekvenaci na platformě kompatibilní se sekvenátory NGS na bázi Illumina. Kit umožňuje spolehlivou detekci variant s VAF 1–100 %.

Economical parameters

Zvýšení konkurenceschopnosti novým produktem a tím zvýšení obratu

Application category by cost

—

Owner IČO

61989592

Owner name

Univerzita Palackého v Olomouci

Owner country

CZ - CZECH REPUBLIC

Usage type

A - K využití výsledku jiným subjektem je vždy nutné nabytí licence

Licence fee requirement

Z - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje v některých případech licenční poplatek

Web page

—