Detection of polymorphisms in farm animals using direct sequencing of PCR product

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F62156489%3A43210%2F04%3A00004452" target="_blank" >RIV/62156489:43210/04:00004452 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Detection of polymorphisms in farm animals using direct sequencing of PCR product

Original language description

A key step in all strategies for causative gene identification is the resequencing of candidate genes or other genomic regions of interest in phenotype divergent animals to identify those single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with a certain phenotype. DNA sequencing is the determination of all or part of the nucleotide sequence of a specific deoxyribonucleic acid (DNA) molecule. The automated cycle sequencing in combination with a fluorescent labelled primers or ddNTPs is recently mostly used method. We performed the direct sequencing of PCR products using ABI PRISM 310 and ABI PRISM 3100-Avant Genetic Analyzer (Applied Biosystems). The aim of the study was the determination of the porcine MYF6 gene structure by direct sequencing of the PCRproduct. Length of the sequenced fragment was 379 bp. We detected four polymorphisms in this fragment. All these polymorphisms were located in the intron.

Czech name

Detekce polymorfismů u hospodářských zvířat s využitím přímého sekvenování PCR produktu

Czech description

Klíčovým krokem pro identifikaci kauzálních genů je resekvenování kandidátních genů nebo jiných genomických regionů u fenotypově rozdílných jedinců a identifikace jednonukleotidových polymorfismů (SNP) asociovaných s určitým fenotypem. Sekvenování DNA jeurčení nukleotidové sekvence celé molekuly DNA nebo její části. V současnosti je nejvýce využívaná metoda cyklického sekvenování v kombinaci s fluorescenčně značenými primery nebo dideoxynukleotidy. My jsme provádeli přímé sekvenování PCR produktu s využitím automatických sekvenátorů ABI PRISM 310 a ABI PRISM 3100-Avant Genetic Analyzer (Applied Biosystems). Cílem naší práce bylo určení struktury prasečího genu MYF6 přímým sekvenováním PCR produktu. Délka sekvenovaného fragmentu byla 379 bp. V tomoto fragmentu jsme detekovali čtyři polymorfismy, všechny jsou lokalizované v intronu.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/GD523%2F03%2FH076" target="_blank" >GD523/03/H076: Enhancing of Methodological Level and Theoretical Education of Students of the Ph. D. Program 4103V - Animal Husbandry - a Perspective Field General Animal Husb</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Scripta medica (Brno)

ISSN

1211-3395

e-ISSN

—

Volume of the periodical

77

Issue of the periodical within the volume

5-6

Country of publishing house

CZ - CZECH REPUBLIC

Number of pages

2

Pages from-to

324-325

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—