Examination of hereditary predispositions to cancer by the NGS method - results to date and unclear cases
The result's identifiers
Result code in IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F19%3A00071700" target="_blank" >RIV/65269705:_____/19:00071700 - isvavai.cz</a>
Result on the web
<a href="https://aleph.nkp.cz/F/?func=direct&doc_number=003124000&local_base=NKC" target="_blank" >https://aleph.nkp.cz/F/?func=direct&doc_number=003124000&local_base=NKC</a>
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternative languages
Result language
čeština
Original language name
Vyšetření dědičných predispozic k nádorovým onemocněním metodou NGS – dosavadní výsledky a nejasné případy
Original language description
S rozvojem masivně paralelního sekvenování (NGS) se stále více ukazuje, že podíl hereditárních onkolologických onemocnění byl v minulosti značně podceňován. Proto byl na našem pracovišti navržen, zvalidován a akreditován NGS panel s názvem BRONCO (BRNO-ONCO), který má za cíl odhalit germinální patogenní varianty v genech souvisejících se vznikem nádorového onemocnění (296 genů, které se podílejí převážně na opravách DNA). Do ledna 2019 bylo vyšetřeno celkem 111 pacientů. 68 s diagnózou karcinomu prsu nebo ovarií (podezření na HBOC) a 35 s nádory GIT (zejména HNPCC). Zbývajících 8 pacientů mělo jiné diagnózy (melanom, renální karcinom, neuroblastom aj.) Sekvenační knihovny jsou připravovány technologií SureSelect HS XT. Vlastní sekvenace potom probíhá na přístroji NextSeq 500 (Illumina). U 68 pacientů s karcinomem prsu či ovarií jsme detekovali patogenní nebo pravděpodobně patogenní variantu ve 21 případech (31 %), ve 4 případech (6 %) byla detekována varianta nejasného klinického významu (VUS) a u 43 pacientů (63 %) byly nalezeny pouze varianty benigní. Z 35 případů s nádory GIT byla patogenní varianta nalezena u 13 pacientů (37 %), VUS v 7 případech (20 %) a u 15 pacientů (43 %) šlo pouze o benigní varianty. Panelem BRONCO byla nalezena patogenní varianta v genu souvisejícím s onemocněním pacienta téměř u třetiny všech vyšetřených. Ne vždy je však nález patogenní varianty v určitém genu dostačující pro vysvětlení diagnózy pacienta. Například u 39-leté pacientky s karcinomem prsu byla detekována patogenní nonsense varianta c.754C>T v genu RAD51D, která ale nesegregovala s onemocněním v rodině. U některých genů zase není jasně prokázaná spojitost s danou diagnózou, jako tomu bylo u 44-leté pacientky s karcinomem prsu, kde byla detekována patogenní varianta c.31deIG v genu KAT5. Stanovení germinálních variant u onkologických pacientů je velmi důležité pro nastavení nejvhodnější léčby, profylaxe a také došetření zdravých členů rodiny. Ne vždy je však nález patogenní varianty v určitém genu dostačující pro vysvětlení diagnózy pacienta a je nutné v analýze pokračovat např. celoexomovým nebo celogenomovým sekvenováním, či funkční analýzou.
Czech name
Vyšetření dědičných predispozic k nádorovým onemocněním metodou NGS – dosavadní výsledky a nejasné případy
Czech description
S rozvojem masivně paralelního sekvenování (NGS) se stále více ukazuje, že podíl hereditárních onkolologických onemocnění byl v minulosti značně podceňován. Proto byl na našem pracovišti navržen, zvalidován a akreditován NGS panel s názvem BRONCO (BRNO-ONCO), který má za cíl odhalit germinální patogenní varianty v genech souvisejících se vznikem nádorového onemocnění (296 genů, které se podílejí převážně na opravách DNA). Do ledna 2019 bylo vyšetřeno celkem 111 pacientů. 68 s diagnózou karcinomu prsu nebo ovarií (podezření na HBOC) a 35 s nádory GIT (zejména HNPCC). Zbývajících 8 pacientů mělo jiné diagnózy (melanom, renální karcinom, neuroblastom aj.) Sekvenační knihovny jsou připravovány technologií SureSelect HS XT. Vlastní sekvenace potom probíhá na přístroji NextSeq 500 (Illumina). U 68 pacientů s karcinomem prsu či ovarií jsme detekovali patogenní nebo pravděpodobně patogenní variantu ve 21 případech (31 %), ve 4 případech (6 %) byla detekována varianta nejasného klinického významu (VUS) a u 43 pacientů (63 %) byly nalezeny pouze varianty benigní. Z 35 případů s nádory GIT byla patogenní varianta nalezena u 13 pacientů (37 %), VUS v 7 případech (20 %) a u 15 pacientů (43 %) šlo pouze o benigní varianty. Panelem BRONCO byla nalezena patogenní varianta v genu souvisejícím s onemocněním pacienta téměř u třetiny všech vyšetřených. Ne vždy je však nález patogenní varianty v určitém genu dostačující pro vysvětlení diagnózy pacienta. Například u 39-leté pacientky s karcinomem prsu byla detekována patogenní nonsense varianta c.754C>T v genu RAD51D, která ale nesegregovala s onemocněním v rodině. U některých genů zase není jasně prokázaná spojitost s danou diagnózou, jako tomu bylo u 44-leté pacientky s karcinomem prsu, kde byla detekována patogenní varianta c.31deIG v genu KAT5. Stanovení germinálních variant u onkologických pacientů je velmi důležité pro nastavení nejvhodnější léčby, profylaxe a také došetření zdravých členů rodiny. Ne vždy je však nález patogenní varianty v určitém genu dostačující pro vysvětlení diagnózy pacienta a je nutné v analýze pokračovat např. celoexomovým nebo celogenomovým sekvenováním, či funkční analýzou.
Classification
Type
O - Miscellaneous
CEP classification
—
OECD FORD branch
30204 - Oncology
Result continuities
Project
Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.
Continuities
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Others
Publication year
2019
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů