Detection of causal variants in hereditary tumor syndromes by a combination of NGS and DIGIMLPA methods

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F65269705%3A_____%2F21%3A00074816" target="_blank" >RIV/65269705:_____/21:00074816 - isvavai.cz</a>

Result on the web

<a href="https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/495.pdf" target="_blank" >https://www.linkos.cz/files/klinicka-onkologie/495.pdf</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

čeština

Original language name

Detekce kauzálních variant u hereditárních nádorových syndromů kombinací metod NGS a DIGIMLPA

Original language description

Východiska: Předpokládá se, že asi 10 % nádorových onemocnění je zapříčiněno vrozenou predispozicí. Toto číslo však nemusí být konečné, neboť s rozvojem technologie sekvenování nové generace (NGS) se stále nacházejí další geny asociované s nádorovými onemocněními. Z detekovaných kauzálních variant jsou nejčastější jednonukleotidové záměny (SNV) a malé delece nebo duplikace. V menší míře bývají přítomny také rozsáhlejší genové aberace, pro jejichž záchyt je vhodná např. analýza variant v počtu kopií (CNV) pomocí NGS, dále metoda MLPA či nově digiMLPA (digitální MLPA). Soubor pacientů a metody: Pomocí NGS panelu BRONCO, který zahrnuje 296 genů asociovaných s dědičnými nádorovými predispozicemi, jsme analyzovali celkem 660 pacientů; 412 pacientů s podezřením na HBOC (syndrom dědičného karcinomu prsu a ovarií) a 248 pacientů s jinými nádorovými onemocněními (Lynchův syndrom aj.). Nově zavedenou metodou digiMLPA (D001; hereditary cancer panel 1) jsme doposud analyzovali 75 pacientů z obou výše zmíněných skupin. Výsledky: U HBOC pacientů jsme patogenní variantu prokázali v 80 případech (19 %), u ostatních jsme patogenní variantu nalezli ve 33 případech (13 %). Pomocí metody digiMLPA jsme detekovali dvě genové aberace (2,66 %). V prvním případě se jednalo o deleci 2. exonu genu BRIP1, což bylo také potvrzeno CNV analýzou. Ve druhém případě jsme identifikovali deleci genu CHEK2. CNV analýza tohoto pacienta prokázala rozsáhlou deleci zahrnující kromě CHEK2 také několik přilehlých genů. Po provedení aCGH (komparativní genomová hybridizace) byl upřesněn rozsah delece na 22. chromozomu zahrnující oblast 22q12.1-22q12.3. Závěr: Kromě detekce patogenních variant v genech doporučených pro testování (dle NCCN), nalézáme patogenní varianty i v dalších genech, které mohou s diagnózou pacienta souviset (nejčastěji jde o geny zapojené do DNA reparačních drah). Pro interpretaci takových variant je vždy nutná úzká spolupráce s klinickým genetikem s ohledem na diagnózu a rodinnou anamnézu pacienta. DigiMLPA je přínosným doplněním analýzy NGS u pacientů s podezřením na dědičné nádorové syndromy. Metoda detekuje rozsáhlé genové aberace a současně ověřuje nálezy detekované CNV analýzou pomocí NGS.

Czech name

Detekce kauzálních variant u hereditárních nádorových syndromů kombinací metod NGS a DIGIMLPA

Czech description

Východiska: Předpokládá se, že asi 10 % nádorových onemocnění je zapříčiněno vrozenou predispozicí. Toto číslo však nemusí být konečné, neboť s rozvojem technologie sekvenování nové generace (NGS) se stále nacházejí další geny asociované s nádorovými onemocněními. Z detekovaných kauzálních variant jsou nejčastější jednonukleotidové záměny (SNV) a malé delece nebo duplikace. V menší míře bývají přítomny také rozsáhlejší genové aberace, pro jejichž záchyt je vhodná např. analýza variant v počtu kopií (CNV) pomocí NGS, dále metoda MLPA či nově digiMLPA (digitální MLPA). Soubor pacientů a metody: Pomocí NGS panelu BRONCO, který zahrnuje 296 genů asociovaných s dědičnými nádorovými predispozicemi, jsme analyzovali celkem 660 pacientů; 412 pacientů s podezřením na HBOC (syndrom dědičného karcinomu prsu a ovarií) a 248 pacientů s jinými nádorovými onemocněními (Lynchův syndrom aj.). Nově zavedenou metodou digiMLPA (D001; hereditary cancer panel 1) jsme doposud analyzovali 75 pacientů z obou výše zmíněných skupin. Výsledky: U HBOC pacientů jsme patogenní variantu prokázali v 80 případech (19 %), u ostatních jsme patogenní variantu nalezli ve 33 případech (13 %). Pomocí metody digiMLPA jsme detekovali dvě genové aberace (2,66 %). V prvním případě se jednalo o deleci 2. exonu genu BRIP1, což bylo také potvrzeno CNV analýzou. Ve druhém případě jsme identifikovali deleci genu CHEK2. CNV analýza tohoto pacienta prokázala rozsáhlou deleci zahrnující kromě CHEK2 také několik přilehlých genů. Po provedení aCGH (komparativní genomová hybridizace) byl upřesněn rozsah delece na 22. chromozomu zahrnující oblast 22q12.1-22q12.3. Závěr: Kromě detekce patogenních variant v genech doporučených pro testování (dle NCCN), nalézáme patogenní varianty i v dalších genech, které mohou s diagnózou pacienta souviset (nejčastěji jde o geny zapojené do DNA reparačních drah). Pro interpretaci takových variant je vždy nutná úzká spolupráce s klinickým genetikem s ohledem na diagnózu a rodinnou anamnézu pacienta. DigiMLPA je přínosným doplněním analýzy NGS u pacientů s podezřením na dědičné nádorové syndromy. Metoda detekuje rozsáhlé genové aberace a současně ověřuje nálezy detekované CNV analýzou pomocí NGS.

Type

O - Miscellaneous

CEP classification

—

OECD FORD branch

30204 - Oncology

Project

—

Continuities

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Publication year

2021

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů