The thrombin binding aptamer GGTTGGTGTGGTTGG forms a bimolecular guanine tetraplex

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F06%3A00038935" target="_blank" >RIV/68081707:_____/06:00038935 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

The thrombin binding aptamer GGTTGGTGTGGTTGG forms a bimolecular guanine tetraplex

Original language description

In the literature, the thrombin binding aptamer GGTTGGTGTGGTTGG is generally taken as a prototype of an intramolecular guanine tetraplex of DNA. Our results, however, show that this notion is not true in aqueous solutions. This conclusion is based on a dependence of the CD spectra on aptamer concentration, migration of the aptamer in polyacrylamide gels, and the Ferguson analysis of the gel migration data. The presented data document that the aptamer forms a bimolecular tetraplex. We furthermore show that only an extension of the aptamer by a sequence containing further guanines, or an elongation of loop regions, causes that its tetraplex folding is intramolecular.

Czech name

Trombinový aptamer GGTTGGTGTGGTTGG tvoří bimolekulární guaninový tetraplex

Czech description

V literatuře je trombinový aptamer GGTTGGTGTGGTTGG považován za prototyp intramolekulárního guaninového tetraplexu DNA. Naše výsledky však ukazují, že tento závěr neplatí ve vodných roztocích. Na základě závislostí CD spekter na koncentraci aptameru, namigraci aptameru v polyakrylamidových gelech a Fergusonově analýze migračních dat ukazujeme, že aptamer tvoří bimolekulární tetraplex. Teprve prodloužení aptameru sekvencemi obsahujícími další guaniny nebo prodloužení oblastí tvořících smyčky vede k jehosbalení do intramolekulárního tetraplexu.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

<a href="/en/project/IAA4004201" target="_blank" >IAA4004201: Tetraplexes of DNA and Their Occurrence in the Human Genome</a><br>

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2006

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Biochemical and Biophysical Research Communications

ISSN

0006-291X

e-ISSN

—

Volume of the periodical

344

Issue of the periodical within the volume

1

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

5

Pages from-to

50-54

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—