Impact of an extruded nucleotide on cleavage activity and dynamic catalytic core conformation of the hepatitis delta virus ribozyme

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00081633" target="_blank" >RIV/68081707:_____/07:00081633 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Impact of an extruded nucleotide on cleavage activity and dynamic catalytic core conformation of the hepatitis delta virus ribozyme

Original language description

The self-cleaving hepatitis delta virus (HDV) ribozyme is essential for the replication of HDV, a liver disease causing pathogen in humans. The catalytically critical nucleotide C75 of the ribozyme is buttressed by a trefoil turn pivoting around an extruded G76. In all available crystal structures, the conformation of G76 is restricted by stacking with G76 of a neighboring molecule. To test whether this crystal contact introduces a structural perturbation into a catalytic core, we have analyzed ~200 nsof molecular dynamics simulations.

Czech name

Vliv vytěsněného nukleotidu na aktivitu štěpení a konformační dynamiku katalytického jádra hepatitis delta virus ribozymu

Czech description

Samoštěpení HDV ribozymu je esenciální pro replikaci HDV, lidského patogenu jater. Katalyticky důležitý nukleotid C75 je podporován uspořádáním do trojlístku kolem vytěsněného G76. Ve všech dostupných krystalových strukturách je konformace G76 omezená stackingem s G76 sousedící molekuly. Za účelem zjistit, jestli tento krystalový kontakt vnáší nebo nevnáší strukturní chybu do katalytického jádra, jsme analyzovali cca 200 ns molekulově dynamických simulací.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Biopolymers

ISSN

0006-3525

e-ISSN

—

Volume of the periodical

85

Issue of the periodical within the volume

5-6

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

15

Pages from-to

392-406

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—