The genomic HDV ribozyme utilizes a previously unnoticed U-turn motif to accomplish fast site-specific catalysis

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68081707%3A_____%2F07%3A00081998" target="_blank" >RIV/68081707:_____/07:00081998 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

The genomic HDV ribozyme utilizes a previously unnoticed U-turn motif to accomplish fast site-specific catalysis

Original language description

The genome of the human hepatitis delta virus (HDV) harbors a self-cleavage catalytic RNA motif, the genomic HDV ribozyme, whose crystal structure shows the dangling nucleotides 5' of the cleavage site projecting away from the catalytic core. This 5' sequence contains a clinically conserved U-1 that we find essential for fast cleavage. Molecular dynamics simulations demonstrate that a U-1 forms the robust kink around the scissile phosphate, exposing it to the catalytic C75 in a previously unnoticed U-turn motif found also, for example, in the hammerhead ribozyme and tRNAs. We find that the common structural U-turn motif serves distinct functions in the HDV and hammerhead ribozymes.

Czech name

Genomický HDV ribozym využívá předtím nepovšimnutý U-turn motiv na rychlou site-specific katalýzu

Czech description

Genom lidského hepatitis delta viru (HDV) obsahuje samoštěpicí se katalytický RNA motiv, genomický HDV ribozyme, jehož krystalová struktura ukazuje volné nukleotidy 5' místa štěpení vyčnívající mimo katalytického jádra. Tato 5' sekvence obsahuje klinickykonzervovaný U-1, který je, jak jsme zjistili, esenciální pro rychlé štěpení. Molekulově dynamické simulace ukazují, že U-1 tvoří robustní ohyb kolem štěpitelného fosfátu, vystavujíc ho ku katalytickému C75 v předtím nepovšimnutém U-turn motivu, který se nachází např. v hammerhead ribozymu nebo tRNA. Zjistili jsme, že tento běžný strukturní U-turn motiv má rozdílné funkce v HDV a hammerhead ribozymu.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

BO - Biophysics

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Nucleic Acids Research

ISSN

0305-1048

e-ISSN

—

Volume of the periodical

35

Issue of the periodical within the volume

6

Country of publishing house

GB - UNITED KINGDOM

Number of pages

14

Pages from-to

1933-1946

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—