Comparative Analysis of the PDCD2-TBP-PSMB1 Region in Vertebrates

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F04%3A00105328" target="_blank" >RIV/68378050:_____/04:00105328 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Comparative Analysis of the PDCD2-TBP-PSMB1 Region in Vertebrates

Original language description

Three orthologous genes encoding programmed cell death 2 (PDCD2), TATA-binding protein (TBP), and proteasomal subunit C5 (PSMB1) proteins have been shown previously to be nonrandomly distributed in both mammalian and invertebrate genomes. Here we analyzea conserved synteny of the PDCD2, TBP, and PSMB1 orthologs in four nonmammalian vertebrates. Homologous genes of the chicken, zebrafish, fugu, and Tetraodon nigroviridis were identified. A chicken cosmid harboring the orthologs of these three genes wascompletely sequenced. The fish genes were analyzed in silico. In all vertebrates thus far investigated, the PDCD2 and TBP genes were located tail-to-tail. In all species but the zebrafish, the PSMB1 gene mapped head-to-head or in the close vicinity to the TBP. A comparative analysis revealed the distribution of putative matrix-attached regions (MARs), which may affect the synteny conservation

Czech name

Srovnávací analýza oblasti PDCD2-TBP-PSMB1 u obratlovců

Czech description

Již dříve bylo pozorováno, že tři ortologní geny kódující protein pro programovou buněčnou smrt 2 (PDCD2), TATA-vazebný protein (TBP) a protein pro proteazomovou podjednotku C5 (PSMB1) jsou nenáhodně rozloženy v savčím genomu i v genomech bezobratlých. Zde jsme analyzovali konzervovanou syntenii ortolog PDCD2, TBP a PSMB1 u čyř nesavčích obratlovců. Byly identifikovány homologní geny kuřat, zebřiček, fugu a Tetraodon nigrovidis. Byla získána úplná sekvence kuřecího kosmidu obsahujícího ortology těchto tří genů. Rybí geny byly analyzovány in silico. U všech doposud studovaných obratlovců byly geny PDCD2 a TBP umístěny v pozici konci k sobě. U všech druhů kromě zebřiček byl gen PBMB1 mapován začátkem k začátku TBP nebo v těsném sousedství TBP. Srovnávacíanalýza odhalila rozmístění předpokládaných oblastí spojených s matrix (MAR), které by mohly ovlivňovat uchování syntenie

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2004

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

Gene

ISSN

0378-1119

e-ISSN

—

Volume of the periodical

335

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

NL - THE KINGDOM OF THE NETHERLANDS

Number of pages

7

Pages from-to

151-157

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—