Conserved alternative and antisense transcripts at the programmed cell death 2 locus

Result code in IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F68378050%3A_____%2F07%3A00082617" target="_blank" >RIV/68378050:_____/07:00082617 - isvavai.cz</a>

Result on the web

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Result language

angličtina

Original language name

Conserved alternative and antisense transcripts at the programmed cell death 2 locus

Original language description

The Pdcd2 gene on mouse Chr 17 was evaluated as a member of a highly conserved synteny, a candidate for an imprinted locus and for the Hst1 gene. New mouse transcripts were identified at this locus as alternative transcripts of the neighboring Tbp gene located mainly in the cell nucleus: an alternative Pdcd2 mRNA skipping the last 2 coding exons and 2 classes of antisense RNAs. Analogous alternative PDCD2 forms truncating the C-terminal domain were also detected in human and chicken. This finding suggests the biological importance of such truncated protein. The identified Tbp-alternative Pdcd2-antisense transcripts may interfere with the transcription of the Pdcd2 gene, as they are transcribed at a comparable level. The conservation of the Pdcd2/Tbp sense-antisense overlap in the mouse and chicken points out its biological relevance. Some cDNAs in databases labeled as noncoding thus may be incomplete alternative cDNAs of neighboring protein-coding genes.

Czech name

Identifikace konservovaných alternativních a antisense transcriptů Pdcd2 genu

Czech description

Gen Pdcd2 na myším Chr 17 byl testován jako kandidát na gen Hst1, na imprintovaný gen a na člen vysoce konzervované syntenie. Byly v něm identifikovány 3 nové mRNA: alternativní Pdcd2 transkript mající na 3´ konci místo 5. a 6. exonu konstitutivní mRNA formy alternativní Pdcd2 exon a 2 Pdcd2-antisense mRNA (přepisované z opačného řetězce DNA). Tyto mRNA byly identifikovány jako alternativní transkripty sousedícího Tbp genu. Alternativní Pdcd2 transkript kódující protein se zkrácenou C-terminální doménoubyl nalezen i u kura domácího a člověka, což naznačuje jeho biologickou důležitost. Geny TBP a PDCD2 se překrývají i u kura. Obě myší Tbp-alternativní-Pdcd2-antisense mRNA jsou přepisovány v množství srovnatelném s transkripty Pdcd2 genu a mohou tedy interferovat s transkripcí Pdcd2 genu. Identifikace Tbp-alternativních-Pdcd2-antisense transkriptů také naznačuje, že některé cDNA vedené v databázích jako nekódující, mohou být ve skutečnosti nekompletní alternativní cDNA sousedních genů.

Type

J_x - Unclassified - Peer-reviewed scientific article (Jimp, Jsc and Jost)

CEP classification

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD branch

—

Project

Result was created during the realization of more than one project. More information in the Projects tab.

Continuities

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Publication year

2007

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Name of the periodical

B M C Genomics

ISSN

1471-2164

e-ISSN

—

Volume of the periodical

8

Issue of the periodical within the volume

-

Country of publishing house

US - UNITED STATES

Number of pages

15

Pages from-to

20

UT code for WoS article

—

EID of the result in the Scopus database

—